史书记载说，皇太极参加了莽古尔泰的丧礼，直到后半夜才回来，然后，在中门设灵堂祭奠，大哭了一场。(《清史稿》列传四，诸王三)三年后，莽古尔泰的弟弟德格类死后一个月，有人告发莽古尔泰兄妹三人合谋危害皇太极。抄家时，发现了十六块刻着“大金国皇帝之印”字样的牌印，遂削夺封爵，莽古尔泰的妹妹和一个儿子被处死，六个儿子降为庶人，所有人口财产抄没入官。莽古尔泰所属的正蓝旗收归皇太极自己统领。最后，形成了正黄、镶黄、正蓝的所谓上三旗。
现在，四大贝勒中，除了皇太极，只剩下了一个大贝勒代善。
皇太极继承汗位时，代善推举最力。当时，努尔哈赤一辈人已经基本过世，代善是年岁最长、行辈最高、资历和战功最显赫的在世者，其声望远在阿敏、莽古尔泰之上，且性情宽柔得众人心，是后金乃至大清决策层中的平衡器与稳定器。可能与母亲佟佳氏和哥哥褚英的遭遇有关，代善表现得谦退平庸，没有显示出领袖群伦的格局与魄力。我们无法断言，代善究竟为什么自动退出汗位竞争，转而全力支持皇太极。有自知之明?为了六年前与大妃的暧昧传闻?顾全大局?皇太极众望所归?我们不得而知。从代善一生行事品格推断，也许是上述因素综合发挥作用所致。
一般说来，皇太极和代善的关系还算不错，团结多，斗争少，即便有斗争也从不涉及根本的利害关系，一旦触及，代善立即谦让后退并坚定支持皇太极。譬如，莽古尔泰和皇太极争吵时，明明有可能是皇太极理亏，代善仍然气恨恨地斥骂莽古尔泰：“如此悖乱，还不如死!”(王先谦《东华录》，天聪五年十二月)并在后来主动提出不再与皇太极并肩而坐，使皇太极顺利实现了“南面独坐”。(《满文老档》，太宗天聪四十五)
天聪九年，多尔衮远征察哈尔，获得传国玉玺，令后金人众认为这是天命所归，从而士气大振。众人仿效当年推举皇太极继承汗位的做法，纷纷立誓书拥戴皇太极上皇帝尊号。皇太极指示由于大贝勒年纪大了，可以免于立誓。代善不同意，主动要求并最后带头在众人面前发下拥戴皇太极登帝位的重誓，表示，若像莽古尔泰、德格类那样心怀不轨的话，将天地不容、遭殃而死。(《汉译<满文旧档>》)就这样，代善大体受到了皇太极的礼遇和尊重。不过，二人之间的一些摩擦也很有意思，颇为意味深长。在代善，会不时地做一些令皇太极不那么舒服的事情，表明自己的存在;在皇太极，则随着威权日重，也时不时对代善晓以利害，甚至丝毫不假以辞色。
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二人之间最严重的冲突，发生在天聪九年，事情是由皇太极的姐姐引起的。
据皇太极说，他的这位姐姐哈达公主脾气暴躁乖戾，且特别喜欢在背后进谗言搬弄是非，大约属于悍妇加长舌妇一类人物。因此，可能从努尔哈赤时代起，姐弟二人关系就不好。这年九月，皇太极率领大家迎接多尔衮远征察哈尔凯旋。在返回沈阳的路上，哈达公主和皇太极发生不愉快，赌气先走。路过代善的营帐时，代善叫他夫人把公主迎进帐，设盛宴款待，并赠送财帛礼物。皇太极知道后，震怒，除派人前去责问外，还不知会任何人，独自返回沈阳，并关闭宫门，不许任何人觐见。
数日后，皇太极召集所有贝勒大臣与侍卫，当面痛斥代善。他长篇大论，痛说家史，把数十年来和代善之间的恩恩怨怨一一倾诉。他愤怒责问代善：为什么过去和哈达公主的关系并不好，如今看到哈达公主与自己闹别扭，就这样对待哈达公主?居心何在?然后，又一一点名痛斥其他诸贝勒。最后，他愤怒地表示：你们悖乱如此!我将杜门而居，你们另外推举一个强有力者为君吧。我安分守己过日子足矣。随后，怒火万丈地返回宫中，关闭宫门不再露面。
最后，心惊肉跳的诸贝勒大臣会同六部官员公审代善，拟定革大贝勒名号，削和硕贝勒职，夺十牛录，罚雕鞍马十匹，甲胄十副，银万两，并拟定处罚他的儿子萨哈廉。然后，所有人等一齐来到朝门前，跪请皇太极出宫视政。
皇太极挣足了面子，遂下令宽免代善、萨哈廉，罚款了事。(《清太宗实录》，天聪九年九月壬申)
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有趣的是，这件事情过后不久，代善、萨哈廉就成为拥戴皇太极上皇帝尊号最为积极的人物。皇太极也在登上帝位之后，封代善为“和硕兄礼亲王”，成为皇帝之下的第一亲王。更加有趣的是，一年后，代善又做了一件更加意味深长的事儿。
皇太极即位后，曾经作出一项规定，限制诸王贝勒的侍卫人数。代善可能不太高兴，有一天，他不带侍卫，自己牵着马，腋下夹着褥垫去见皇太极，显然是故意做给皇太极看。后来，皇太极称帝的第二年，代善违反规定，为自己多配备了十二名侍卫，并对有关部门负责人说，皇太极的护卫也超过了定额。这件事逼得皇太极当众对证，最后，证实其侍卫人数不但没有超额，反而还不够定额。(《清太宗实录》卷三十七)我们知道，皇太极前后执政十七年。这件小事的意味深长之处在于：在皇太极继承汗位十年、登基做皇帝两年之后，代善仍然敢于和他攀比，并不将他看成是可以为所欲为、至高无上的皇帝。
崇德四年底，皇太极携众人前往叶赫地区打猎。代善马失前蹄，伤了脚。皇太极跳下马，亲自为他裹伤、给他敬酒，并且流着泪责备他：“大哥年纪大了，我再三劝你不要驰马，大哥为什么这么不善自珍重?”随即罢猎而还，并命代善坐轿缓行，一直护卫到家。(《清太宗实录》卷四十九)
三年后，皇太极死。代善为防止内乱，拥戴皇太极六岁的儿子福临继位，并可能亲自出面，断送了自己策划拥立多尔衮的一子一孙的性命。就这样，他成了大清帝国前期最受人尊敬的安全阀，并在威望崇高、地位尊荣之中，平平安安地度过了一生。虽然他可能时时感受到不那么令人愉快的深深的悒郁。
