而要全部治好，使之不再重犯则需要先饮麻沸散，麻痹脑部，然后用利斧砍开脑袋，取出风涎，这样才可能去掉病根。多疑的曹操以为华佗是要借机杀他，为关羽报仇，于是命令将华佗杀害。
被关进牢狱以后，华佗知道曹操不会放过他的，于是抑制住悲愤的心情，逐字逐句地整理他的三卷医学著作-《青囊经》，希望把自己的医术流传下去。这三卷著作整理好以后，华佗把它交给牢头，牢头不敢接受。在极度失望之下，华佗把它掷在火盆里烧掉。牢头这时候才觉得可惜，慌忙去抢，只抢出一卷，据说这一卷是关于医治兽病的记载。华佗没有留下专门著作。这是我国医学的一个重大损失。
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但是，华佗之死责任果真全在曹操吗?华佗真的没有任何过失吗?
《三国演义》中有一节治风疾神医身死，传遗命奸雄数终，描写了华佗被曹操杀害的情形。《三国演义》虽然是文学作品，其中有着大量的虚构成分，但是，华佗因为要给曹操开颅医病而被曹操杀害确是不争的历史事实。
受《三国演义》的影响，今天的许多史学家大都认为，华佗不仅医术高明，而且医德高尚，时刻心系天下百姓的疾苦，不肯服侍权贵。华佗真是这样一个人吗?
在中国古代社会里，万般皆下品，唯有读书高和学而优则仕是众多读书人的信条。华佗所生活的东汉末期，社会上读书做官的热潮已经达到顶点，公卿大多数是熟悉经术者，汉顺帝时太学生多达3万人，学儒读经成为社会风尚，而医药技术虽为上至帝王、下至百姓所需，但却为士大夫所轻视，医生的社会地位不高。
这种社会风尚不能不对华佗有所影响。据《三国志魏书方技传》记载，华佗年少时曾经在徐州一带游学，是个兼通数经的读书人，在当地很有名气。众所周知，科举制起源于隋朝，东汉时期普通读书人进入仕途的途径只有被举孝廉，也就是因为品德高尚而被推荐进入官场。
沛国相陈珪和太尉黄琬都曾荐举华佗为孝廉，征辟他做官，但是华佗却颇为自负，认为自己才气大，而不屑于去做他们举荐的那些低级文案工作，再者，华佗此时已经迷恋上医学，他不愿意为此小官而抛弃所喜好的医学。
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除此之外，华佗开颅面临的医学问题还有不少，不论那一项不具备开颅都是十分危险的事情。曹操不开颅尚且可以存活一段时间，如果开颅必然是九死一生。生性多疑的曹操岂能容忍这样的结果?在这种情况下，曹操认为华佗是在故意暗害自己也是讲得通的。
曹操杀害华佗虽然主要是凭借自己的好恶，但是，从《汉律》上讲，也有他的依据。曹操在挟天子以令诸侯的情况下，以动以王法从事著称。无论是理政还是治军，甚至齐家、诫子，曹操都以汉律为基本准则。依照汉律的规定，华佗犯了两宗罪：一是欺骗罪，二是不从征召罪。
而令华佗命丧黄泉的是主要是后者。汉律中有大不敬罪，对亏礼废节之犯者要处以重刑，《汉书申屠嘉传》便载有人通小臣，戏殿上，大不敬，当斩的案例。大不敬的具体内容较多，其中征召不到大不敬适用于华佗所犯之罪。在当时的情况下，曹操以此为华佗定罪，别人也就无话可说了。
正如《三国志方技传》中写道的那样然本作士人，以医见业，意常自悔，华佗在行医的过程中，深深地感到医生地位的低下。由于他的医术高明，前来请他看病的高官权贵越来越多，他的名气也越来越大。
在这些高官权贵的眼中，华佗即使医术再高明，也只是一个医生而已，在同他们的接触过程中，华佗的失落感更加强烈，性格也变得乖戾了，难以与人相处，因此，范晔在《后汉书方术列传》中毫不客气地说他为人性恶，难得意。在后悔和自责的同时，他在等待入仕为官的机遇的再度降临。
