宋金刚败走，李世民追到介州，宋金刚列阵以对李世民，李世民派遣秦琼、程咬金、李勣在北，翟长孙、秦武通在南，与宋金刚战后假装后退，宋金刚来追，李世民亲率精骑冲杀宋金刚后军，宋金刚大败，尉迟恭等投降。
同年七月，李世民率军攻打王世充、窦建德，用秦琼为先锋，秦琼领几十个骑兵冲锋陷。打败王世充后，秦琼获封翼国公，又赏赐黄金百斤、帛七千段。
武德五年(622年)，窦建德部将刘黑闼起兵造反，先后收复昔日窦建德的领土，秦琼随李世民前往征讨。刘黑闼失败后，又赏给秦琼许多物资。
武德六年(623年)，秦琼参与玄武门事变，诛杀李建成、李元吉，事后被拜为左武卫大将军，获封邑七百户。而后秦琼经常生病，对人说：“我戎马一生，大小战斗二百余阵，屡受重伤，前后流的血能有几斛多，怎么会不生病!”
武德九年(626年)，秦琼获封邑七百户。
