起初，萧铣放散兵卒，仅留宿卫战士数千人，等到仓促召集兵马时，江南、岭南，路途辽远，未及赴援。李孝恭布列长围以守。数日之后，攻破水城，缴获楼船数千艘。交州总管丘和、长史高士廉、司马杜之松前往李靖处投降。萧铣自料救兵不会前来，对其属下说：“上天不保佑梁朝啊!如待力尽而降，必害百姓遭殃。如今趁城未攻下，先行出降，可免乱兵祸害。各位何愁没有君主呢?”便巡城下令，守城士卒全都痛哭。萧铣用太牢告祭于太庙，率领官属身穿孝服前往军门，认罪说：“应死者仅萧铣一人，百姓无罪，请不要杀掠他们!”李孝恭受降，护送他到京师。过后几天，救兵赶到，众达十余万人。得知萧铣已降，便都投降唐朝。萧铣送到京师。唐高祖斥责其罪，萧铣回答说：“隋失其鹿，英雄竞逐，萧铣无天命护佑，故被陛下擒获，正如田横南面称王，难道对不起汉朝吗?”唐高祖因其言不屈而大怒，下诏斩于都市，时年三十九岁。
