这个时候朱元璋冷静下来了，没错，时机确实不成熟，老二、老三可都活着呢，杀了老四，他们怎么办，现在他们好歹还能互相牵制呢，于是朱元璋收起杀意，暂时放过朱棣一马，打算时机成熟再动手。
两年后，洪武二十八年，老二秦王朱樉病死。这个时候，朱元璋也感觉时日不多了，在他看来，假若自己死后，至少还有老三牵制朱棣，至少危险还是可控的，再加上人越老越容易犹豫，更何况是自己的亲儿子，于是解决朱棣的具体实施开始搁置。
但是一件事的发生立刻使情况变得严峻，洪武三十一年三月，老三晋王朱棡也病死了，这下子问题棘手了!我们要知道，朱元璋是这一年六月二十四日去世的，也就是说，朱元璋离死只有短短三个月了!这个时候朱元璋越发感觉自己时日不多，而三子的去世更是使这个老人家伤心，身子的一半都埋在了黄土里，临死还要白发人送黑发人，多么凄伤悲痛，但是这个时候他还是极为清醒，他对驸马梅殷哀叹道：“燕王病矣!”(意思是：燕王这个人危险啊!)这个时候是他最真切体会到燕王这一隐患带来的严重危机!
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但他这句话也透着深深的无奈，毕竟他清醒地意识到自己真的快不行了，恐怕已经来不及了，于是他对自己这个最信赖的女婿梅殷说，将来靠你了，你一定要辅佐好皇长孙!最终，一代传奇枭雄病逝。
他死之后的第二年，燕王便起兵“靖难”，最终该来的还是来了，历史就是这般无情。
如果说朱元璋临死前想除掉朱棣，真的来不及了吗?不一定，这个时候朱元璋离死还有三个月，他只要立刻着手实施，派人携带密旨，以商量“大事”的借口故意暗示朱棣要传位给他，只要把朱棣诱骗到南京，立刻诛杀朱棣，三个月的时间是来得及的。那么为什么朱元璋不这么做呢?
一来，朱元璋可不只是要解决朱棣这一个人，他还要解决“朱棣集团”，此外还要趁机罗织罪名解决大量的不安定因素。而这一操作必然牵连广泛，至少需要几年的时间，因此时间并不乐观。再者，燕王是否会造反，这件事本身也说不准，自己贸然杀掉亲儿子，毕竟于心不忍，就算是朱棣真的反了，朝廷这么多的军队，朝中这么多大臣，对付朱棣一个藩王基本是没问题的。还有就是，他知道自己时日不多，马上朝廷就要进行最高权力的交接，这个时候稳定的政治环境是极为重要的，杀掉朱棣，必然造成政治动荡，进而影响交接的平稳，因而朱元璋还是未能下的了手，最后落得“一失足成千古恨”，令人唏嘘慨叹。
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公元1402年，燕王朱棣攻破大明帝国的首都应天(南京)，皇宫失火，建文帝朱允炆不知所踪。最终朱棣以藩王造反的手段取代侄子，登上了皇帝宝座，这一年距朱元璋去世仅仅四年。
