司马邺最初过继给伯父秦献王司马柬，袭封秦王。永嘉七年(313年)，晋怀帝于平阳遇害之后，司马邺于长安即帝位，改元建兴。司马邺即位时，西晋已经没有可以作战的战力;而且长安也没有可用的物资可以与前赵作战。建兴四年(316年)八月，刘曜发兵攻打长安，并且切断长安的粮运;晋愍帝在食粮断绝的情况之下于十一月十一日(12月11日)投降汉赵。之后晋愍帝被送往平阳，封为怀平侯，并且承受身为狩猎队伍的前导以及宴会洗杯子的杂役的屈辱。建兴五年十二月二十日(318年2月7日)，被刘聪杀害，终年十八岁，葬处不明。
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晋愍帝继位时，正值永嘉之乱，天下分崩离析，长安城中不满百户人家，房屋坍塌，荆棘成林。朝廷无车马服饰，只能把官衔写在桑木板上作标志而已。军队不过一旅，公私有车四辆，器械缺少，粮饷运输不能接济。外敌横行，京都危急，各地诸侯无献身之志，四方将帅无勤王之举，故使晋愍帝君臣处境窘迫。
在他被群臣拥立为皇帝的时候，西晋王朝已经名存实亡，皇室世族早都逃到了江南。十一岁的司马邺赤露肩背，口含玉璧，出城往刘汉军营求降。投降之后，司马邺受尽屈辱，在刘聪出猎时手执长戟为他开路，宴会上身着青衣替人斟酒，连围观百姓都痛心疾哭，即便如此，为了防止晋人造反，司马邺最终还是被刘聪残忍地杀死了。
永嘉之乱
西晋(265～317)是魏晋南北朝史上短暂的大一统王朝，共有四代皇帝，司马邺是亡国之君，谥号晋愍帝，“愍”指的就是他一生所经历的苦难忧患。
265年，西晋的开国之君司马炎取代曹魏政权，建立了晋，并用十五年的时间完成了统一全国的宏愿。但是这种统一局面仅仅维持了三十七年，可谓昙花一现，最终为内迁的少数民族和造反的流民所灭。但若究其根本，还是免不了要归咎于八王之乱，这场历时十六年的内乱，耗尽了西晋的国力，早已为灭亡埋下了伏笔。
司马邺的前任皇帝晋怀帝司马炽就是在八王之乱中被扶上位的傀儡皇帝。他在位也只有短短八年，而且朝政一直被司马越把持。当时，北方的少数民族匈奴也已经开始建立自己的政权，并积极准备内迁。因为八王之乱兵灾连年，加上天灾，百姓们流离失所，流民起义不断，也为少数民族内迁提供了绝佳时机。
永嘉五年(311)六月，气势汹汹的匈奴人攻陷了西晋的首都洛阳，将晋怀帝掳了去，这就是历史上有名的“永嘉之乱”。晋怀帝被掳走的途中，太子司马诠也被杀害。年仅十一岁的司马邺被雍州刺史贾胥护送回长安，封为皇太子，以备不测。果然，很快便传来晋怀帝被杀的消息，司马邺便被群臣拥立为新的君主，是为晋愍帝。被俘的晋怀帝被押往平阳，匈奴汉王刘聪将其封为会稽郡公，囚禁起来，并故意加以侮辱，命他在正月的朝会上做斟酒的仆人。在座的一些晋朝的旧臣看不下去，失声痛哭，这让刘聪很反感，不久他就下令用毒酒将晋怀帝毒死了。可怜晋怀帝死后连个像样的葬礼都没有。晋怀帝的悲惨遭遇似乎是晋愍帝一生的预演，只不过，相比之下，晋愍帝要更为凄惨。
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青衣行酒皆是恨
永嘉之乱，晋怀帝被掳走，太子被杀，后继无人，司马邺在这个危难之际被扶立为帝。但是，此时的西晋早已经名存实亡了。因为八王之乱持续十几年，战火蔓延之处，人民生活困苦，流民起义不断，社会极其不稳定。所以一些有钱的贵族早已经开始迁往江南一带，过着富庶安定的生活。留下来的除了一些矢志不移地想要光复晋朝的忠臣，就是一些没钱逃亡的穷苦百姓了。
因此，晋愍帝即位的时候，朝廷既没有可以作战的军队，也没有多少可用的粮草物资。316年八月，匈奴刘曜又率兵围攻长安，长安军民依靠城池之险，苦苦固守了三个月，最后，城内粮尽，除了等死之外，唯有投降了。
为了城内幸存的军民考虑，晋愍帝唯有忍辱屈服，对刘汉称臣了。当时，大家都知道匈
奴人素来仇恨汉人，即便是投降，也很难存活，便央求晋愍帝不要投降，大家一起殉国，免得再受欺辱。晋愍帝虽然年幼，却也明大义，他自己一人殉国可以，但是毕竟城里还有无辜百姓，如果自己投降可以让他们免受屠城之苦，那也算是自己能为他们所尽的绵薄之力了。
于是，他脱去了龙袍，赤裸肩背，口含玉璧，乘坐羊车，出城前往刘汉军营投降。一路上，百姓们看到年幼的皇帝如此凄凉，纷纷围住号啕大哭，有的人爬上羊车拉着他不放，不愿看到他遭受匈奴人的虐待侮辱。晋愍帝前途未卜，心中凄苦，却又无可奈何，只能用力推开众人，驱车来到了刘汉军营前。看到狼狈的晋愍帝，匈奴人肆意取笑，极为嚣张。被押送到平阳之后，晋愍帝被废封为光禄大夫，西晋王朝至此灭亡。
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对于这个年幼的亡国之君，刘聪百般羞辱，先是像对待晋怀帝一样命他青衣行酒。堂堂西晋的皇帝，不得不穿上贱役的青布衣服，在匈奴人开怀畅饮的时候奴颜婢膝地为他们斟酒，稍有差池还要被呵斥辱骂。更可悲的是，在座的还有一同被俘虏的西晋旧臣。刘聪故意安排他们在场，就是为了刺激晋愍帝。这些臣子看到自己的皇帝如此屈辱，悲痛不已，忍不住偷偷啜泣。看到这些，刘聪更加高兴，对晋愍帝越来越放肆，简直连一个杂役的待遇都不如。
匈奴人是游牧民族，喜欢打猎。在每次出猎的时候，刘聪便故意带上晋愍帝，并让他全身披挂，穿着笨重的铠甲，手执长戟，为自己执鞭开路。一旦有野兽出没，刘聪便和部下指着受惊的晋愍帝哈哈大笑。路上的晋朝百姓看到这一幕，都叹惋不已。刘聪一方面享受着虐人的快感，一方面又担心长久下去激起了晋人的反抗之心，便派人杀害了晋愍帝。可怜晋愍帝被处死的时候才刚刚十八岁，本来正是年少轻狂的时候，却受尽屈辱和折磨，含恨而死。