淫掠民女。在皮岛这个山高皇帝远的地方，毛文龙喜欢哪个女子就命令部下将她抢回来。这种危害社会的行为，必须受到惩处。
囚禁难民，草菅人命。明朝的有些民众不看忍受清军的折磨，逃到皮岛想要保全性命。但毛文龙对自己的同胞却没有丝毫的同情，他不仅不予以帮助，反而将他们囚禁起来。这些穷苦民众，有的被他谎称为敌军杀死，然后向朝廷邀功，有的则直接被他折磨致死。
向阉党献媚。在魏忠贤祸乱朝纲时，毛文龙主动投靠，并拜魏忠贤为义父。
掩盖兵败，谎称大胜。铁山战败后，毛文龙钻了朝廷不知详情的空子，竟然恬不知耻地宣称自己五战五捷，真是胆大妄为。
开镇八年，未立寸功。用朝廷那么多的粮饷，却连一尺一寸的土地都没有收复。
杀死毛文龙后，袁崇焕对皮岛的将士进行了仔细的清查。经清查，这里实际的兵士只有两万八千人。也就是说，毛文龙这八年来，一直领的是八倍的粮饷。在毛文龙的肆意妄为下，皮岛的军队已经成为了独立于明朝之外的割据势力。
明末的天启帝和崇祯帝对他鞭长莫及，于是，只好以各种方式来笼络他。
虽然，毛文龙没有光明正大帝反叛，但是，他的行事，已经严重破坏了辽东军队的凝聚力。而且，他的狼子野心，始终是明王朝的心腹大患。如果坐视他逐渐壮大，后果将不堪设想。到那个时候，明朝多年的军饷，就是直接送到了后金的手中。
崇祯皇帝突然听到这个消息，大吃一惊，但是，想到毛文龙既已死去，当时，又靠着袁崇焕，所以，就以赞扬的态度下诏书褒奖了他。不久，崇祯帝又传旨公开了毛文龙的罪行，用以稳定袁崇焕的心;毛文龙埋伏在京城的爪牙，也命令法司加以搜捕。
