但是此时年羹尧却还和当年夺嫡死对头九阿哥胤禟走得很近，在镇守甘肃的时候，年羹尧不但没有能够对胤禟进行“严加看管”，而且还有意瞒报。这让雍正对年羹尧有了戒心，边疆大臣与亲王和睦这是犯了帝王忌讳，如果两人串谋，有谋反的可能。
此时雍正也慢慢释放年羹尧手中的兵权，让他回京任职。但是此时的年羹尧却有些膨胀了，他命令直隶总督李维钧、陕西巡抚范时捷等人在他回京路上向他跪拜，面见雍正的时候，态度也十分傲慢，甚至还向雍正邀功。
于是雍正皇帝开始想办法扳倒年羹尧，对于这样一个功高的两朝老臣，雍正也是比较忌惮的，不可能无缘无故地免他的职。而且年羹尧还控制着四省的军政，尤其西北地区，根基深厚，贸然动他，风险非常高。雍正秘密让人搜集年羹尧犯罪证据，另外逐渐孤立年羹尧，试探各朝廷重臣与年羹尧的关系。
而下面群臣也明白雍正皇帝的意思，当年与年羹尧有关系的大臣，比如被年羹尧举荐的直隶总督李维钧，年羹尧的世亲安徽巡抚李成龙等，都自觉站到年羹尧的对立面。当雍正开始公开批评年羹尧的时候，这些大臣纷纷上书，弹劾年羹尧。面对这场突如其来的批判，手足无措的年羹尧只能认罪伏法。此时的雍正看上去原谅了年羹尧，实际上这是为了铲除年羹尧势力蓄力。
雍正提拔西南将领岳钟琪，让他接替年羹尧西南军务，同时免去了年羹尧抚远大将军和川陕总督的职务，调任为杭州将军，让他远离西南根据地。等一切就绪，便用囚车把年羹尧押解回京，等候审判定罪，在群臣一片声讨当中，年羹尧被判为逆反的罪名，如果这92条罪名成立，年羹尧被诛杀十族都有可能，最终年羹尧在狱中自尽。
被《雍正王朝》中形容的“千古君臣”只是一个假象，年雍正与年羹尧的关系，其实是早年雍正不得不依仗年羹尧，当年羹尧势力大到足够威胁雍正的时候，雍正与年羹尧的蜜月期也就到期了，年羹尧的死并不是失宠，从始至终，年羹尧都是雍正的工具。
