不久，汉武帝杀了李陵全家，判处司马迁以宫刑。宫刑就是割掉男人的生殖器，是一个奇耻大辱的刑罚，污及先人，见笑亲友。司马迁在狱中，又备受凌辱，几乎断送了性命。他本想一死，但想到自己多年搜集资料，说：“人固有一死，或重于泰山，或轻于鸿毛。”。他为了完成《史记》的写作，忍辱负重，抛开个人身体折磨和精神压力，全神贯注地投入到写作之中。
五、司马迁五十岁时 公元前96年，汉武帝大赦天下。司马迁出狱后当了西汉朝廷省部级的中书令。这个职位看起来很显赫，但在当时按惯例，是只有宦官才能担任的。实际上，这又是对司马迁另一种形式的污辱。但是，司马迁“两耳不闻窗外事，一心只著圣贤书。”
公元前91年，旷世名著《史记》经过司马迁13年的艰苦写作，终于全书完成。共有130篇，52万余字。《史记》记载了上自中国上古传说中的黄帝时代，下至汉武帝(公元前122年)，共3000多年的历史。作者司马迁以其“究天人之际，通古今之变，成一家之言”的史识，使《史记》成为中国历史上第一部纪传体通史。
《史记》全书包括十二本纪，记录历代帝王政绩;三十世家，记录诸侯国和汉代诸侯、勋贵兴亡;七十列传，记录重要人物的言行事迹，其中最后一篇为自序;十表，就是大事年表;八书，记录各种典章制度记礼、乐、音律、历法、天文、封禅、水利、财用等。
《史记》对历史事件真实记录，在称赞汉武帝功德的同时，也斥责了汉武帝“内多欲而外施仁义”，汉武帝对此勃然大怒，将《史记》手稿付之一炬。
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结尾 司马迁有一位叫任安的好友，因政治事件被判腰斩。狱吏在搜查其遗物时发现了一封司马迁写给任安的书信《报任安书》。信中告诉任安，他之所以在蒙受奇耻大辱之后还顽强地活下来，就是为了完成《史记》的著作。汉武帝见信后大怒，加上一伙对司马迁极为不满的宠臣的谗言，司马迁遭受迫害，不久就去世了，终年58岁。
《史记》对后世史学和文学的发展都产生了深远影响。其首创的纪传体编史方法为后来历代“正史”所传承。同时，《史记》还被认为是一部优秀的文学著作，在中国文学史上有重要地位，被鲁迅誉为“史家之绝唱，无韵之离骚”，有很高的文学价值。刘向等人认为此书“善序事理，辩而不华，质而不俚”。与司马光的《资治通鉴》并称“史学双壁”。
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