那么，是谁害死了光绪帝呢?有以下几种说法：
(一)慈禧太后谋害了光绪帝
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《清稗类钞》、《崇陵存信录》等均持此种观点。此种观点认为，光绪帝虽然长期被囚，却是保皇党、立宪派的一面旗帜。光绪帝自己也没有放弃再度执政的想法，一直进行着准备，他暗暗关注并认真思考国家和世界大势，努力学习英文，了解世界各国风土人情、政治制度、国家间相互关系等，似乎是以三十多岁的年华为唯一资本，与七十多岁的慈禧太后进行生命的赌赛。他是在默默等待重新执政的那一天。生性敏感、老谋深算的慈禧太后，又何尝想不到这一层?依慈禧太后的秉性和一贯做法，她绝不甘心、也绝不能容忍给已被她击败的对手——光绪帝留下任何翻身的机会，她要保持永远的胜利者的位置，否则死不瞑目。慈禧太后自知己病不治，本不愿光绪帝重掌大权，又听说光绪帝为己病面露喜色，便咬牙切齿道：不能死在光绪帝之前。遂密令亲信太监害死了光绪帝。
一位史家分析：“正常死亡”说主要依据的是清宫遗档、脉案。但不容忽视的是，光绪帝整个治疗过程，全部掌握在慈禧太后手中。时奕劻主持光绪帝治病事宜，未经批准任何医生不准进入瀛台光绪帝寝宫，开出的处方，也须奕劻过目。而奕劻正是慈禧太后最得力的亲信大臣。若伪造“脉案”，实在是很容易的事。事实是光绪确患重病，但病情不至于导致突然逝世。再有，11月13日，慈禧太后以光绪帝名义颁发了两道谕旨，一是命醇亲王载沣之子溥仪入宫教养，在上书房读书;一是授载沣为摄政王。也就是说，那时慈禧太后即已预先知道，光绪帝会死在她的前面。唯一可以解释的，正是她本人决定和操纵着光绪帝的死期。
至于光绪帝遗体无刃器伤痕，也无中毒现象，此观点一说是慈禧太后令亲信太监将光绪帝“扼毙”;一说是将光绪帝“饿毙”。清宫太监回忆录《清宫琐谈》有：
光绪帝本无大病，诸医开方皆以平和之剂为药，然而，太监们在光绪帝死前已得到光绪帝驾崩的消息。当时在瀛台侍疾者共六名，其中两人饿死，剩下几人食不果腹，“因饿失血者又凡三人”。光绪帝死前，在床上召唤医生周某，他两眼瞪大，四次用手指口，周某知帝饿急，但实在是没有吃的，就连他本人也三天未进食了。后来，光绪帝便渐无声息了。不久，醇亲王入见，周报告说皇上已去世，醇亲王用镜子试皇上气息，确信其已死亡，于是匆匆而去。一会儿，皇后赶来探视，随后便把皇上驾崩的消息公之于世。
此外还有一说，启功曾谈到他的曾祖溥良的一件往事：
光绪帝和慈禧太后先后“驾崩”时，溥良正任礼部尚书。作为主管礼仪、祭祀之事的最高官员，慈禧太后临终前要昼夜守候在她的寝宫之外。其他在京、够级别的大臣也不例外。大臣们都惶惶不可终日，就等着屋里一哭，外边好举哀发丧。慈禧太后得的是痢疾，从病危到弥留的时间拉得比较长，守候的大臣们都有些体力不支，便纷纷坐在台阶上，哪儿哪儿都是，情景非常狼狈。就在宣布慈禧太后“驾崩”前，我曾祖父看见一太监端着一个盖碗从寝宫出来，出于职责，问这太监端的是什么，太监答道：“是老佛爷赏给万岁爷的塌喇。”“塌喇”在满语中是“酸奶”的意思。当时光绪被软禁在中南海的瀛台，之前也从没听说过他有什么急症大病，隆裕皇后也始终在慈禧这边忙活。但送后不久，就由隆裕皇后的太监小德张(张兰德)向太医院正堂宣布光绪帝驾崩了。接着这边屋里才哭了起来，表明太后已死，里外跟着哭成一片，在我曾祖父参与主持下举行哀礼。其实，谁也说不清太后到底是什么时候怎么死的，也许她真的挺到光绪帝死后，也许早就死了，只是密不发丧，只有等到宣布光绪帝死后才发丧。这已成了千古疑案，查太医院的任何档案也不会有真实的记载。但光绪帝在死之前，西太后曾亲赐他一碗“塌喇”，确是我曾祖亲见亲问过的。这显然是一碗毒药。而那位太医院正堂姓张，后来我们家人有病还常请他来看，我们管他叫张大人。
(二)李莲英或者袁世凯谋害了光绪帝
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《清室外纪》、《瀛台泣血记》、《我的前半生》等书，或说是李莲英或说是袁世凯，怕慈禧太后先死，光绪帝掌权后与自己算账，而先下手为强，害死了光绪帝。曾在宫中担任女官的德龄女士，在《清宫二年记》、《瀛台泣血记》等书中，明确指明李莲英下毒害死了光绪帝。
然而李莲英与光绪帝的关系似乎不像人们想象的那样。光绪帝从小就受李莲英看护，叫他“谙达”，夸他“忠心事主”。光绪帝被囚瀛台，李莲英多方照顾，经常到瀛台与光绪帝拆装钟表消遣。清代文人、著名维新派人士王小航曾讲述一个故事：
庚子年八国联军侵入北京，慈禧率光绪和王公大臣出逃，第二年回京在保定驻跸。慈禧临时寝宫被褥铺陈洁净华美，李莲英住得也不错，而光绪帝如何呢?李莲英侍候慈禧太后睡下后，前来光绪住处探望，见光绪在灯前孤坐，无一太监值班。李莲英一看，十分惊讶：光绪帝竟然没有铺盖。时值隆冬季节，天寒地冻，无法入睡。李莲英立即跪下，抱着光绪帝的腿痛哭道：“奴才们罪该万死!”亲自把自己住处的被褥抱过来供光绪帝使用。光绪帝后回忆西逃的苦楚时曾说：“若无李谙达，我活不到今天。”
而溥仪在《我的前半生》一书中则谈到，袁世凯在戊戌变法时辜负了光绪的信任，在关键时刻出卖了皇上。袁世凯担心一旦慈禧死去，光绪帝决不会轻饶了他，所以就借进药的机会，暗中下毒，将光绪帝毒死。电视剧《走向共和》即采用此说。
