朱元璋两次大屠杀的对象，都是他初起兵时亲如手足的患难朋友
他们为朱元璋出生入死，当他们以为可以分享富贵时，却被朱元璋施以惨无人道的酷刑并株连九族。这两次大屠杀不过是成批地死亡，事实上朱元璋每天都在屠杀,前后屠杀了四万多文臣武将。像皇太子的教师宋濂，是元末明初文才最为出众的人物，朱元璋尊称他是“圣人”，来往宫中如同一家，因他孙儿牵扯到胡惟庸案中，朱元璋翻脸不认人，昔日的上宾一眨眼成了阶下囚。宋濂被贬到穷困的蛮荒，没几年就死在那里。朱元璋最信任的智囊刘基，他对明王朝的功绩和诸葛亮对蜀汉王国的功绩不相上下，但他的结局和诸葛亮不能相比，他的高度智慧使朱元璋浑身不自在，最后朱元璋将其毒死后嫁祸于胡惟庸身上。
平定云南的大将傅友德，父子同时绑赴刑场腰斩。平定广东的大将朱亮祖，父子同时惨死在钢鞭之下。大臣李仕鲁在金銮殿上辞职，朱元璋认为是看不起他这个皇帝，当即命武士将李仕鲁摔下殿堂，脑浆崩裂而死。
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在所有共患难的朋友中，只有三个人没有被扣上谋反的帽子，一是常遇春，一是徐达，一是汤和。常遇春运气最好，天下还没太平就早早地死掉。徐达的死和处决没啥分别，他患一种疽疮，最忌鹅肉。朱元璋偏偏送一碗鹅肉给他，并命送鹅肉的宦官在旁监视他吃掉，徐达一面吃一面流泪，当晚毒发身死。只有汤和一人寿终正寝，因为他看上去傻乎乎的，不具备承载野心的智商。在朱元璋统治时期，朝中人人自危，每时每刻都担心飞来横祸，官员们每天早上入朝，即跟妻子诀别，到晚上平安归来，合家才有笑容。
李善长是朱元璋的第二大谋臣和功臣，和朱元璋是儿女亲家。但朱元璋对他仍不放心，必欲去之而后快。恰好其弟李存义和胡惟庸联姻，朱元璋便借此大做文章，指使坐罪胡惟庸案的丁斌(李善长的私亲)告发李存义曾串通胡惟庸谋反。狱吏对李存义父子施以重刑，二人熬刑不过，只好按狱吏的主意(实则是朱元璋的主意)“ 承认”是奉了李善长的指使。那时一班朝臣，希承意旨，联章交劾善长，统说是大逆应诛，一桩“谋反案”就此制造出来。此时朱元璋还要故作姿态，说李善长是大功臣，应法外施恩。偏偏太史又奏言星变，只说此次占星，应在大臣身上，须加罚殛，于是太祖遂下了严旨，赐善长自尽。此时李善长已七十七岁，所有家属七十馀人，尽行处斩。只有一子李琪，曾尚临安公主，得蒙免死，流徙江浦。外如吉安侯陆仲亨、延安侯唐胜宗、平凉侯费聚、南雄侯赵庸、江南侯陆聚、宜春侯黄彬、豫章侯胡美即胡定瑞、荥阳侯郑遇春等，一并押赴刑场处斩。
关于朱元璋疯狂屠杀功臣元勋的心理动因，后世历史学家有不同的解释，最有代表性的解释是，朱元璋看到皇太子懦弱，担心他死后强臣压主，所以事先消除隐患。这种解释有一则宫廷秩闻可为佐证：有一天皇太子劝说父亲不要杀人太多，朱元璋把一根长满了刺的棍子丢在地上，命皇太子用手拾起来。皇太子一把抓住刺棍，结果给扎破了手掌并连声呼痛。朱元璋说：我事先为你拔除棍上的毒刺，你难道不明白我的苦心吗!就算上面的解释是真实的，也说明被杀的功臣全蒙受不白之冤，“ 谋反”根本是莫须有的罪名，而在屠杀功臣的同时也助长了司法制度的黑暗。
朱元璋“火烧独角楼”，大杀功臣、朝臣，据史书记载，胡惟庸、李善长、蓝玉三案总共杀人十万之多。在位三十年，杀了二十万，基本上将功臣杀光，连毫无二心的幼时放牛娃朋友徐达也不放过，可谓冷酷刻暴到了极点。
朱元璋杀人手段凶残之极
2001年，香港中文大学陈学霖教授将他整理出来的《明兴野记》作为《史林漫识》一书的附录，在大陆公开出版。
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陈梧桐教授详读此书后，发现其中有多处关于剥皮实草的记载。如洪武十一年，都督毛骧因为收受贿赂，败坏法制，朱元璋命人在他的胸背刺上“奸党毛骧”四个字，然后“剥皮贮草”，放在都府大堂之上，警示后任官员。这是贪官“剥皮实草”完整执行的明证。此外还有几处明确提出了执行了“剥皮”之刑，如洪武六年六月，中书省右丞杨希武因为“奸党”一事败露，被锁在天界寺山门前，沿身刺上“奸党杨希武”，然后把皮剥下来，套在凳子上，放置于省府台堂之上，让后人来坐，以示警戒。
《明兴野记》的作者俞本所记录的酷刑峻法是否可信呢?根据陈学霖先生的研究，俞本十五岁参加元末大起义，二十岁成为朱元璋亲兵都指挥使冯国兴麾下的“ 帐前黄旗先锋”，此后一生追随朱元璋南征北战，直到洪武三十年才退职，是元末民初历史的亲历者和见证人。他数次记录自然是值得采信的。陈梧桐教授表示：“ 有了俞本在《明兴野记》中的记述，明初执行过‘剥皮实草’之刑，已是铁证如山，无可辩驳。”
然而《明兴野记》还揭露出朱元璋曾用此种酷法残杀民众的的事实。洪武二十九年，朱元璋怀疑宫内有人同外界私通，竟然将宫中妇女五千人和守门的宦官全部 “剥皮实草”示众，这段鲜为人知的历史暴露出在极端人治的政治环境下，惩贪的峻法不免成为统治者发泄私恨，滥杀无辜的工具。
朱元璋实施的刑罚中，除了剥皮，最有名的莫过于凌迟，把人绑在柱子上，用刀慢慢割，如果行刑的人技术好，那受刑者就要受苦了，据说最高纪录是割3000多刀，把肉都割完了人还没死。除此外，还有所谓抽肠(顾名思义)、刷洗(用开水浇人，然后用铁刷子刷)、秤杆(用铁钩把人吊起风干)、阉割、挖膝盖等等。
