清军渡长江，克镇江。顺治二年(1645)五月十五日大臣赵之龙、王锋、钱谦益等献南京城投降,清军占领南京。当南明政权被清军灭掉之后，成为南明皇帝对于朱由崧来说就成为了一件祸事，因为擒贼先擒王，清军可以饶恕那些投降的将领，给与他们高官厚禄，但是唯一不能放过的就是南明王朝的形式上的最高统治者弘光帝朱由崧。弘光帝朱由崧被迫出奔芜湖，被俘。他被押进南京时，百姓夹路唾骂，投掷瓦砾，表现出对他的轻蔑和痛恨。二十二日朱由崧被获，解北京处死。弘光政权仅维持了一年，就覆灭了。
首先从朱由崧个人的能力来看，朱由崧是一位昏庸无能之辈，朱由崧虽然是依仗着军队的支持登上了王位，但是其登上王位之后却并没有能够将军权抓在自己的手里，而是听任拥立自己的军队将领依仗着拥立新帝有功而飞扬跋扈，没有人可以节制的了，也就是说虽然朱由崧登上了皇帝的宝座，但是却并没有将权力抓在自己手中，而是醉生梦死，沉迷于酒色之中。南宋的赵构虽然是也沉迷于享乐，但是赵构却是一个令出必行的皇帝，即使是岳飞朱仙镇大捷想要直捣黄龙的时候，赵构也能够让其撤军，从这里可以看出赵构是最高权力的拥有者，这一点朱由崧是远远不及赵构的，正是由于朱由崧的昏聩无能，没有及时的将权力抓在自己手中，才导致了其与赵构不能相比。
再者，从南明王朝的臣子们来看，一开始的时候东林党包括史可法在内的很多人都不同意拥立朱由崧，虽然后来不得不接受了朱由崧登基为王的事实，但是无疑这种拥立谁为新君的分歧一直都是存在着的，正是这种分歧的存在，使得朱由崧的反对者最后将朱由崧献给了清军。朱由崧为什么成不了赵构的第三个原因是其缺乏必要的贤臣能将，南明的内部各自拥兵自重，非常的不团结，而清军在多尔衮统一的指挥却拥有着强大的战斗力，双方的力量对比实在是差的不是一星半点，因此南明政权的覆亡也就在情理之中了。
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