三贝勒莽古尔泰是皇太极的异母兄，也是一员猛将，战功卓著，但对皇太极也不很尊重。天聪五年，皇太极批评他违反军令，常出差错，他不服，争论当中，他竟想拔刀相向。经过以代善为首的议政王大臣会议议决，将他削去大贝勒名号，降为贝勒，并给于一定处罚。这是十月间的事，很快就是年底，准备新春朝贺礼仪，汉官李伯龙建议排定朝贺时的百官班次，皇太极便提出莽古尔泰虽然不是大贝勒了，但以往一直“与朕并坐”，现在如果不令并坐了，恐怕“别国之人”不知道他有罪，反而产生疑问，他又年长，“可否仍令并坐”。当初，因为4个大贝勒地位是平等的，所以，皇太极即位以后，每当朝会时，一直是4个人并排而坐，一同接受百官的朝拜。现在莽古尔泰不是大贝勒了，再并坐于上就不合适了。
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皇太极提出这个问题以后，会上就有一半人坚持莽古尔泰不能再与皇太极并排而坐，这时，就看代善的态度了。代善开始似乎没有领会皇太极的意图，说：“上谕诚是，彼之过，不足介怀，即仍令并坐亦可。”但想了想之后，他又说：“我等奉上居大位，又与上并列而坐，甚非礼也……自今以后，上南面中坐，以昭至尊之体，我与莽古尔泰侍坐上侧，外国蒙古诸贝勒坐于我等之下，如此方为允协。”大家都表示赞成。至此，3个大贝勒中剩下一个代善，他是真心拥立皇太极的，对汗权不构成威胁，而且，他已自甘退让，放弃了和皇太极平起平坐的权力。皇太极唯汗独尊的地位从此确立。崇德元年(1636)，他称皇帝，真正成为有无上权威的专制君主，从而取代了“八王共理国政”的军事贵族联合执政国体。确立了无上权威的皇太极终于有机会一展自己的政治报复，但相对于当时仍然强大的明朝政权，皇太极又是如何崛起，并终于可以问鼎中原的呢?
无规矩不成方圆，皇太极开始抓紧创制各种法令和制度，建立起一套封建制的法制体系。使官民行动都有所遵行，一切都纳入了封建化秩序的轨道。皇太极还努力团结其他民族，扩大自己的实力。努尔哈赤起兵反明，怀着强烈的民族复仇情绪，以“诛戮汉人，抚养满洲”为基本国策，在辽沈地区实行残酷的民族屠杀和高压政策，“抗拒者被戮，俘取者为奴”。这样做的结果，激化了满汉民族矛盾，汉人各种形式的反抗斗争接连不断。皇太极即位后，面对如此严峻的现实考验，明智地实行新的国策：“满汉之人，均属一体”，规定满、汉两个民族在政治上和经济上都享有平等待遇的原则。为此，他采取了很多有效措施，化民族对立为民族融合。
皇太极还将蒙古由盟友变为臣民。从努尔哈赤起，就实行与蒙古结盟策略，皇太极开始也袭用这种策略，当然，这种关系是不稳定的、不牢固的，于是，当国力强盛起来之后，他在军事征服的基础上，变政治联盟关系为主属关系，骠悍的蒙古民族成为受国法约束的清国臣民，蒙古纳入清国版图。皇太极后期实行盟旗制行政体制，设立蒙古衙门，专司蒙古事务。如此的改变，不仅彻底消除了这一外部威胁，而且，大大增强了清国的军事力量。同时，皇太极变查禁宗教为礼敬喇嘛教，借此争取图伯特(西藏)归附。不光如此，皇太极还非常重视发展农业。女真人本以采集、渔猎为主要生产手段，到努尔哈赤时农业才刚刚发展起来，农业生产的重要性还没有提到日程上来。皇太极认识到“有土有民为立国之本”，不能靠掳掠为生，所以，发展农业十分重要，他说：“劝农讲武，国之大经”、“厚生之道，全在勤治农桑”，便采取措施努力发展农业，例如他曾专门下令不许修筑道路、城垣等工程“有妨农务”，违者治罪，还把是否勤于和善于管理农事作为考核官员的标准。
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皇太极也注意到了多种生产兼顾。一是女真人“赖以为生”的传统采猎经济继续发展。二是改变努尔哈赤时期不甚重视手工业生产的局面，发展纺织业、冶铁业、造船业等，取得了明显的成就。精粗绢帛都能织造，达到了“服用自裕”的程度。能够自行铸造西洋大炮，而且一次就可以造40门，可以说是批量生产了。还开始自造战船，增强了海上作战能力。除此之外，皇太极还根据形势的发展扩编八旗，增加兵员。皇太极时期，降服的蒙古人越来越多，不断扩编，到1635年(天聪九年)，按满洲八旗之制，编为蒙古八个旗，正式确立了蒙古八旗制。成为一支直辖于皇太极本人、地位仅次于满洲八旗的军事力量。到1642年(崇德七年)，更增设了汉军八旗。这样，清国的兵力就由努尔哈赤时的8旗扩编为24旗。同时，他还健全了军队组织形式，申明法令以严明纪律。
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