朱常洛尽管后来继承了皇位，但不到一个月就死了，死时才三十八岁。朱常洵被封到洛阳做福王，五十五岁时被李自成的部下所杀。据记载，虽然被杀时吓得浑身如筛糠，身体却壮实得像头牛。
郑贵妃生了儿子，万历皇帝自然欣喜万分，晋封郑贵妃为“皇贵妃”。这皇贵妃的公开身份仅次于皇后，而在万历皇帝心中，郑贵妃的分量比没有生育的王皇后重得多。但是，万历皇帝万万没有想到，这个给他带来无限快乐和期望的皇三子朱常洵，还有朱常洵的母亲、集万般宠爱于一身的郑贵妃，却给自己惹出了无穷的烦恼。
万历十四年二月初三，皇三子朱常洵尚未满月，内阁首辅申时行等人就上疏，请求册立皇长子朱常洛为太子。
申时行来自当时中国经济文化最发达的苏州，嘉靖四十一年的状元。由于为人友善，又不缺乏灵活性，文章还写得十分漂亮，所以得到前后首辅严嵩、徐阶、高拱、张居正等人的器重，长期在翰林院供职，是一位典型的文化官员，是万历皇帝做太子、做皇帝时候十分敬重的老师。万历六年，申时行入内阁为大学士，并在万历十一年九月，也就是张居正去世后的一年多，接替张四维为首辅，直到万历十九年九月退休，做了整整八年的首辅。
申时行做首辅的风格和张居正不同，张居正是凡事认真，雷厉风行;申时行虽然也坚持原则，但更大的特长则是善于和稀泥。所以在他执政的这些年，人们都觉得政策宽松、心情舒畅。但现在有件事情摆在大学士们面前，任你申时行怎么和稀泥、怎么不得罪人，这件事情却是单项选择。什么问题?立太子的问题，用明朝人的话来说，就是“国本”的问题，关于国家的根本和未来的问题。
申时行和他的内阁同事们在给皇帝的奏疏中说，皇长子朱常洛从诞生到现在，“五年于兹矣”，已经五个年头了，按照祖制，应该立为皇太子，以定国本。当然，按实际年龄算，皇长子朱常洛这个时候是三岁半，但中国古代的算法却是按照虚岁。
这件事情如果孤立地看，申时行等人的请求是十分合情合理的。在明朝的历史上，在正常情况下，皇长子都是在幼年即被立为皇太子的，我们一个一个看：正统皇帝被立为太子时是四个月，成化皇帝两岁，弘治皇帝六岁，正德皇帝两岁，万历皇帝六岁。明太祖戎马倥偬间，才称“吴王”，便立十岁的长子朱标为“吴世子”;明成祖在确定了太子的人选之后，迫不及待地立十四岁的长孙即后来的宣德皇帝为皇太孙。所以，内阁提请立皇长子朱常洛为太子，是完全符合祖制，完全合乎情理的。
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但是，内阁的这个请求在万历皇帝和郑贵妃看来，却是居心叵测，别有用心。如果说按祖制，这个皇长子从万历十年八月出生到如今，将近四年的时间，你们这些大学士都到哪里去了?为什么早不请立、晚不请立，偏偏等到郑贵妃一生儿子，儿子还没满月，你们就请求立太子?如果贵妃生下来的是个女儿，你们会不会这个时候请立太子?你们这个时候请立皇长子为太子，是否就是针对皇三子、针对郑贵妃的?站在万历皇帝和郑贵妃的立场上，这种猜测、这种疑问，也是完全有道理的。
而实际上，内阁关于立皇长子为太子的请求，也确实是冲着郑贵妃和她的儿子来的。本来是希望立嫡，但王皇后大婚八九年了，没有生儿育女，眼看是不能生育了。既然不能立嫡，只得求其次，立长。如果郑贵妃这个儿子不生，或者生下来的是个女儿，这立太子的事情也确实可以缓一缓。因为这皇长子朱常洛，不仅母亲身份低，而且自己身体也实在过于羸弱。
话虽如此，但双方都不能把事情挑明，都只能是打太极拳。所以，万历皇帝很客气地拒绝了内阁的请求：“元子婴弱，稍俟二三年举行。”皇长子身体不太好，等他长大一些，身体好一些，再立为太子也不迟。
但内阁对皇帝的说法并不赞同，所以两天后再次上疏，只是偷换了一个概念。万历皇帝的意思是皇长子身体羸弱，如果过两三年没有意外再行册立也不迟。而内阁的第二次关于立太子的奏疏，则把事情理解为册立仪式，说皇长子虽然身体不是太强壮，但在宫中不过接受一个册立文本，在文华殿不过出席一次册立仪式，如此而已，这样轻微的活动怎么可能损害皇长子的健康呢?皇长子再羸弱，也不可能连这么小的运动量也扛不住啊。
