洪武二十六年(1393年)七月，朱元璋选人员轮流到文华殿侍奉十六岁皇太孙朱允炆。八九月，三十三岁的四皇子燕王朱棣与其他兄弟王爷陆续来朝。在见所谓皇太孙时，心里不服，但表面上还是毕恭毕敬的行了礼。洪武二十九年(1396年)，皇太孙朱允炆十九岁。二月份，三十六岁的燕王朱棣率军巡视大宁(今山西省临汾市境内)。三月份，又在彻彻儿山打败敌人，径直追到兀良哈秃城才返回。洪武三十一年(1398年)，皇太孙朱允炆二十一岁，不得不再面对至亲离世，而燕王朱棣三十八岁。闰五月八日，朱元璋病情突然恶化，看来也快到时候了。果然两天后，便在西宫蹬腿走了，活了七十一岁。很明显，没活过。可时间不给机会了，给朱允炆留的时间也不多了，甚至给朱标这支血脉的时间也不多了。
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朱元璋，明朝开国皇帝。朱元璋下了一道最后诏书：“朕当皇帝三十一年，忧心天下出路，才日夜操劳，希望天下百姓都获得看得见的好处。只可惜，出身卑微(临死前，说大实话了)，没前人的头脑与眼光，惩恶扬善还做得远远不够。现在就要离开这世界了，没什么可悲哀与惋惜的，因为这是顺应上天的结果。只放心不下大孙子。他宅心仁厚，有能有才，受广大百姓拥护，理所应当做国家的新皇帝。不管是内臣，还是外臣，都要齐心辅佐，让这刚刚稳定的国家走向繁荣富强。朕走后，祭祀丧礼所用之物，不要铺张浪费，尤要禁用金银器皿。孝陵(朱元璋与马皇后的坟墓)的风水原貌要保持下去。天下所有臣民哀悼三天后，一概脱下孝服，不要影响老百姓大红喜事。驻守外地的各藩王就不要回来了，干好本职即可(潜台词，不给造反的机会)。剩余的事情，如果没想到的，就具体问题具体处理吧。”十六日，朱元璋被葬在孝陵，与深爱的女人——大脚马皇后沉睡在一起。经过中央协商，被追封为高皇帝，庙号为太祖。唯一可依赖的亲爷爷走了。刚成年的朱允炆不得不独立面对大风大浪。朱棣这下兴奋了，终于等到翻盘机会。朱允炆小小年纪便彻底成了心灵上的孤儿，在一帮好心官员帮助下，大赦天下，规定明年(1399年)为建文元年(被后人称为建文帝的由来)。下诏行三年国丧后，正式治理国家。第一步招纳人才。五月二十一日，规定五品及其以上文官与各地方官员推荐有才的草根。六月，第二步精简州县。并同时开始第三步裁掉冗官、第四步重用大臣。齐泰从兵部侍郎跃为兵部尚书，黄子澄从翰林院修撰升为太常卿，都直接参与国政，成为其左膀右臂。
秋七月，明朝著名文人——方孝孺登上历史舞台。朱允炆让他这个汉中府教授(在古代是学官名，非今大学教师职称)做翰林院侍讲(主要从事文史类修撰，有点类似今文史编辑，不过只为国家做事)。还推行宽松政策，赦罪犯，免不少百姓所欠赋税，为自己争取民心。八月，五大爷周王朱橚(sù)因有罪被废，迁云南，标志着朱允炆开始削藩(朱棣就此警惕起来)。还命兴州、营州、开平各卫(明军级别的一种)中，但凡全家当兵的，一人回家;并要求天下卫所(明军形式)中，凡独生子的，也都回去。不仅争取了民心，也鼓动更多百姓积极参与农事，发展经济。冬十一月，朱允炆因知不是省油的灯，便正式盯上朱棣，安排心腹到北平(今北京)做官，暗中监视一举一动。还再次下诏求贤，寻那些躲在山沟或树林里的貌不惊人却怀有经天纬地之才的草根。
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朱允炆，明朝第二位皇帝，年号建文，故后世称建文帝。十二月，免明年(建文元年)国内一半田租，释放被刺字的士兵与罪犯回家。建文元年(1399年)，燕王朱棣三十九岁。大年初二，二十二岁的朱允炆接受百官朝贺，但因爷爷刚去世，没奏乐。大年初九，在南郊祭天地，并悼爷爷。大正月里，还让人开始修爷爷的《太祖实录》。二月，朱允炆追尊逝者，老爹朱标为孝康皇帝，母亲常氏(正妻)为孝康皇后;再封活者，亲妈吕氏为皇太后，妃子马氏为皇后。
为维稳，开始采取分封弟弟们做藩王，立长子朱文奎为太子，网罗天下人才，给民间高寿者生活物资，以官方名义赡养弱势群体(类似今敬老院)等系列措施。之后，又限制各藩王，要求不得干涉官员给朝廷做事，并改革中央、地方官制。三月，举行隆重仪式，祭文人偶像——孔子。出于巩固国防，间接警告藩王大爷们(尤北平的朱棣)，朱允炆派都督宋忠(谐音送终?)等率军驻扎开平、临清、山海关，调北平、永清的军队到彰德、顺德两地。还安排由二十四名中央官员担任采访使(检查刑狱和监察州县官吏，这里偏指各藩王)组成的中央巡视小组四处明察暗访。朱棣此时肯定恨得牙根痒痒，我的好侄子，你竟然防四大爷我。夏四月，十二大爷湘王朱柏自焚而死(直接原因被人告谋反)。七大爷齐王朱榑(fú)、十三大爷代王朱桂也因有罪被废。
朱棣为自保，只好让三个儿子到北平找他们的哥哥朱允炆，实为被软禁。建文帝这才得以平复躁动的心，暂时将最大“炸弹”丢一边，去修理其他大爷，却错过一弄死他的绝好机会。结合后来七月正式造反推断，在冷兵器时代，朱棣此时早已偷偷练兵，筹备物资，在地下建兵工厂造兵器，在地上建养鸡场与养鸭场遮人耳目。六月，十八大爷岷王朱楩(pián)也因所谓有罪被废，迁漳州。十日，有燕山基层官员上报中央，说当地发生了叛乱。很快暴露的叛军就被消灭了。建文帝朱允炆及其团队这才意识到事态严重，燕山隶属朱棣的驻守区，可知他也难保干净，随时可能叛乱。于是，以迅雷不及掩耳之势，一边公开呵斥四大爷不靠谱，一边逮捕燕王府官僚。很快，北平都指挥张信便率军正式投靠朱棣。而为拖延，燕王装病。此时在朱允炆看来，他反不反都已是叛军了。
