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波斯总教既已灭绝，中土的明教也未能独秀多久。元朝末年可以说是明教最后的风光时期了。一方面，明教的教义被其他秘密宗教如白莲教吸纳并发展;另一方面，明教自身在下层民众和一些知识分子中不断传播。
因为长期处于秘密状态，明教教名也有了多种别称，除浙江称摩尼教、福建称明教外，淮南称二桧子，江东称四果，江西称金刚禅等。明朝的开国皇帝朱元璋实际上就曾加入过明教。《倚天屠龙记》结尾写到：由于朱元璋靠明教起家，因而国号中不得不带一个“明”字。明朝二百多年的历史，均从明教而来。这种说法，虽然有点牵强，但也有一定的历史根据。
更有趣的是，明太祖朱元璋实际上导致了明教的全面衰落。朱元璋在登上九五至尊之后，由于深知秘密教派的厉害，便下诏严禁白莲教、明教等教派，并把取缔“左道邪术”写进《明律》，用法律形式固定下来。其后，白莲教以各种支派的形式变换名目继续得到发展，明教却逐渐衰落了。到明清之际，明教在中国完全消失了。
