除此事深得人心，元恭接下来做得几件事也可圈可点。一是下诏表明自己不称皇帝，只称帝;二是封前任皇帝元晔为东海王，给予必要的优待政策;三是拒绝为曾背叛孝庄帝，现为尔朱世隆部下的两个将领封侯;四是下诏不得再称南朝萧梁政权为伪梁，恢复两国往来;五是赦免了嫌路途遥远，不愿去波斯送狮子的两名使者的罪;六是亲自审理冤假错案，主持公道和正义，等等。元恭上台后所作所为，为长期以来黑暗腐朽的北魏宫廷注入了新鲜空气，让人顶礼膜拜，就连尔朱氏的死对头高欢，也欣然认同元恭“明哲仁恕……当今之圣主”(见《魏书》)。
在中国历代傀儡皇帝中，能够被世人誉为“明主”“圣君”“圣主”的，想来仅元恭一人耳。元恭虽为傀儡，但不同于其他傀儡皇帝，随着其个人声望的高涨和政治经验的积累，他的内心越来越强大，说话越来越硬气，胆识越来越彰显，对拥立他的尔朱氏也甚至直言不讳。当初，尔朱世隆要求为尔朱荣平反时，元恭还有所忌惮，态度暧昧，把尔朱荣的罪责推给老天爷;后来，元恭对尔朱世隆主动重提旧事，态度明确地指出“太原王(尔朱荣)贪天之功以为己力，罪亦合死”，听到此话，“世隆等愕然，自是以后，不敢复入朝”(见《洛阳伽蓝记》)。
从一个八年不言的假哑巴，到一个话锋刚硬的真汉子，才几个月的功夫，元恭渐渐找到了当皇帝的感觉，守住了天子的威严，赢得了更大的呼声。为了压制元恭，尔朱世隆“辄专擅国权，凶慝滋甚。坐持台省，家总万机。事无大小，先至隆第，然后施行。天子拱己南面，无所干预”(见《洛阳伽蓝记》)。尔朱世隆架空元恭，另立私廷后，“生杀自由，公行淫佚，无复畏避，信任群小，随其与夺……世隆兄弟群从，各拥强兵，割剥四海，极其暴虐”，导致“天心之人莫不厌毒”(见《魏书》)。与此同时，尔朱氏集团内部也勾心斗角，内讧不断，对局势的控制力衰减，这就给一直想取代尔朱氏的乱世枭雄高欢创造了机会。
普泰元年(公元531年)十月，高欢起兵讨伐尔朱氏，在河北拥立宗室、立渤海太守元朗为皇帝，与尔朱氏拥立的元恭相对抗。次年三月，高欢大败尔朱氏，尔朱氏集团主要成员相继被俘斩杀。皮之不存，毛将焉附?元恭虽然对尔朱氏心存抵触，但他毕竟是尔朱氏拥立的傀儡，尔朱氏覆灭倒垮后，元恭成为断了线的风筝，无所倚靠，不知何去何从。唯一的办法，就是向高欢主动示好。四月，高欢兵临城下时，元恭主动派使者慰劳高欢，高欢反让使者去拜见元朗，使者抗议，后被放走。高欢清楚，元朗非皇族嫡系，难以服众，打算弃元朗，重立元恭。
当时，元恭风华正茂，英姿勃发，器宇轩昂，又有一年多的为帝经历，极具声望，深得高欢看重，其本人也成竹在胸。所以，当高欢派属下魏兰根去观察元恭为人时，元恭“神采高明”(见《北史》)男神般的出色表现，刺痛了魏兰根这个小人的眼部神经，“兰根忌帝雅德，还致毁谤”(见《魏书》)，以元恭为“胡贼所推，今若仍立，于理不允”(见《北史》)为由，强谏高欢打消立元恭的念头，于是，高欢废掉元恭，将其关进崇训寺，另立平阳王元修为新帝，改元太昌。元恭“素有德业，而为兰根等构毁，深为时论所非”(见《北史》)，颇受世人惋惜和舆论同情。
命犯小人，不仅让元恭失去了再次当皇帝的机会，而且，成为随时丧命的板上鱼肉。
太昌元年(公元532年)五月，元恭死于洛阳门下外省，时年三十五岁。关于元恭之死，《资治通鉴》称“魏主鸩节闵帝于门下外省”，责任虽指向元修，但恐怕也是高欢的意思。当时，高欢手中掌控三位废帝(元晔、元恭、元朗)，为何首先杀掉元恭，过后才杀元晔和元朗，很明显，元恭声望太高，既然不能为高欢所用，却也难免成为敌对势力加以利用的招牌。元恭不死，高欢能睡踏实吗?
元恭死后，元修诏令百官赴会，用王礼葬之。元恭在崇训寺被囚押期间，曾作诗感叹世事无常：“朱门久可患，紫极非情玩。颠覆立可待，一年三易换。时运正如此，惟有修真观。”表达了对世事无常的深刻认识。后来，元修投奔宇文泰，史称西魏。北魏分裂后，西魏以正统的姿态，追谥元恭为节闵皇帝。按古代谥法：好廉自克，能固所守，谨行节度，躬俭中礼，艰危莫夺为节;仁慈不寿为闵。节闵这个谥号，对元恭来说，名副其实，客观公正，也是极高的评价。
