刘穆之和刘裕的亲密关系，让刘毅等人十分嫉妒，就经常在刘裕面前说刘穆之手中权力太大，但刘裕丝毫不为所动，越发信任刘穆之，刘穆之也就更加尽心尽力，凡穆之所推举的人才，刘裕不接受，他就不罢休，直到刘裕接受为止。他常说：“我虽然不能像荀彧那样光推举好的，但我不推举不好的。”
刘穆之对刘裕推心置腑，甚至连自己的缺点都不隐瞒。刘穆之一向喜欢酒食，身份地位提高后，每次吃饭都要十来个人一起，他曾对刘裕说：“我出身贫穷，以前吃不饱饭，自从跟了您，条件改善了，在吃喝上花费有点过多，除了这方面，其他我再没有对不起您的了。”
公元416年，刘穆之病逝。此时，已经统一南方的刘裕正在率军北伐，并攻下了后秦，收复了洛阳、长安，形势一片大好，正准备稍加休整后，乘胜前进，攻伐赵、魏。得知刘穆之病逝的消息，他立即下令停止北伐，留下十二岁的儿子刘义真镇守长安，自己率兵匆匆返回。
“高祖在长安，闻问惊恸，哀惋者数日。本欲顿驾关中，经略赵、魏。穆之既卒，京邑任虚，乃驰还彭城，以司马徐羡之代管留任，而朝廷大事常决穆之者，并悉北谘。”(《宋书》)——回去后虽然任命徐羡之代理朝政，但平常可以由刘穆之直接处理决定的朝政大事，都需要向刘裕请示才能定夺，由此可见刘穆之在刘裕心中的地位。
刘裕撤军前，当地百姓十分失望和不解，甚至有人说他是为了篡权：“狼狈而还者，欲速成篡事耳，无暇有意于中原”。刘裕返回不久，留守长安的晋军发生内乱，刚刚攻下的长安就被胡夏国主赫连勃勃夺走。后世不少史家、学者对此也颇多争议，认为如果不是刘穆之病逝，刘裕乘胜北伐，也许就会统一中原，改写南北朝历史。虽然历史没有如果，但这也从另一个侧面反映了刘穆之对刘裕的重要性。
刘穆之才智谋略过人，竭尽所能辅佐刘裕的同时，也使淹淹一息的东晋王室焕发了生机。他掌理朝政的这些年，朝廷内外出现了少有的稳定、复兴局面。刘穆之的突然病逝，东晋朝廷都大为恐惧、慌乱，刘裕更是悲痛欲绝，多次慨叹：“穆之死，人轻易我。”(《宋书》)——穆之死了，人们都会小看我的。从此刘裕再没有北伐。
鉴于刘穆之生前掌理朝政的功绩，朝廷追赠他为开府仪同三司。
时隔不久，在刘裕的力荐之下，朝廷又重赠刘穆之侍中、司徒，封南昌县侯。
公元420年，刘裕接受恭帝禅位，建立宋，史称刘宋，感念刘穆之的生前功绩，又追封其为南康郡公，谥号文宣公。一个文臣，死后被两朝帝王三次追封，历史上绝无仅有。
刘穆之作为一介文臣谋士，殚精竭虑，以杰出的才能倾心辅佐刘裕，虽然早逝，但他无疑是东晋王室的栋梁之臣和刘宋王朝的最大功臣，历代史家对他更是给予了极高评价。
唐代史学家朱敬则评价：“如萧何之镇静关中，寇恂之安辑河内，葛亮相蜀，张昭辅吴···刘穆之众务必举···悉为忠烈之士。”唐代名臣薛稷将其与张良、郭嘉并称：“张良之翼汉王，郭嘉之协魏主，宋武之得穆之···定策决胜，谋夫孔多。”《宋史》作者沈约称其为“一代宗臣”。
