公元196年，汉献帝刘协从安邑辗转回到洛阳。曹操闻讯，召集将领谋士商议迎献帝的事。一些人认为，关东地区尚未平定，李催部将杨奉与白波渠帅韩暹等刚扈从献帝返回洛阳，又与河内张扬联合，怕难以对付。荀彧对曹操说：“眼下，东京都城已经残破，天下义士仍心存汉室，尊奉皇上以从众望，这正是难得的机遇。”经荀彧精辟的分析，曹操下定决心迎献帝迁都许城。
公元196年八月，曹操率兵进驻洛阳，当时洛阳到处残垣断壁，遍地狼藉，粮食又严重缺乏。九月，曹操护汉献帝迁都许城。献帝任曹操为司空，行车骑将军，后来又任丞相。从此，曹操牢牢控制了汉献帝，获取了“挟天子以令诸侯”的有利地位.掌握了政治和军事上的主动权。
献帝迁都许城之后，荀彧被封为侍中，代理尚书令。常替曹操处理军政大事。曹操长年在外征战，国家大事他都要与荀彧商量筹划。
荀彧不仅全力替曹操处理军政大事，还不断帮助他物色和举荐人才。而曹操也思贤若渴，嘱咐他推荐人才。荀彧先后向曹操推荐了一批极富才华的谋士，如郭嘉、荀攸、钟繇以及陈群、杜袭、司马懿、郗虑、华歆、王朗、荀悦、辛毗、赵俨等，他们为曹操开创大业，战胜对手，并最终统一中原，做出了极大的贡献。
官渡报捷 智高一筹
曹操迎献帝迁都之后，在政治上取得了优势，他可以对各路诸侯发号施令。当时东有吕布，南有张绣，北有袁绍，西有马超、韩遂等，曹操居中，四面受敌，形势并不乐观。当时他在宛城(今河南南阳市)被张绣击败，袁绍十分骄横，让陈琳写信讽刺他。曹操大怒，想去攻打袁绍，但凭当时他的实力是敌不过袁绍的。他采纳了荀彧的主张，决定先除掉吕布，再作他图。他派钟繇抚定关中，然后率兵亲自东伐吕布。
公元198年九月，曹操杀了吕布、陈宫，平定了徐州。公元200年，袁绍亲率十余万大军南下，准备进攻许昌。曹操列兵在官渡(今河南中牟东北)与袁绍展开对峙，中国历史上著名的官渡之战开始了。官渡之战，袁军在人数上是大大超过曹军的。战斗展开后，双方互有攻守，相持了一段时间。曹操虽然打了几次胜仗，但袁军实力仍较强，而曹操兵力不足，粮食也快要用完了。曹操准备回撤许都，写信与荀彧商议。荀彧不以为然，回信给曹操说：“现在军队虽然粮食短缺，但若同楚汉相争两军相持于荥阳、成皋时相比，情况并不算太严重。当时交战双方的处境都要比现在严峻得多，但刘邦和项羽谁都不肯率先撤退，因为谁先后退谁就会失去势头，由主动变为被动，处于挨打地位。现在袁绍将其全部兵力集结在官渡，与您决一胜负，而您的军队只有袁绍的十分之一，但两军列阵据守，就像是卡住了他的喉咙一样，使他寸步难进，不是已经有半年时间了吗?可见袁绍并不难对付。现在情况已经很清楚，双方都各有难处，再往下拖，局势必然要发生变化。这正是运用计谋，出奇制胜的好时机，千万不能错过。”荀彧又征集了一批粮草送到官渡。于是曹操听从了荀彧的主张，放弃了退兵的打算，继续与袁绍对抗，终于创造出以少胜多奇迹般的战绩，大败袁绍。
官渡之战是历史上著名的以少胜多的战例，在世界军事史上也具有重要地位。荀彧的神机妙算、力阻退兵，为官渡之战的获胜立下了汗马功劳。由于荀彧跟随曹操多年，战功卓著，曹操深表钦佩，并给予很高评价。他曾向汉献帝上《请爵荀彧表》，封荀彧为万岁亭侯(万岁亭在今河南新郑县内)，后来又增封千户。曹操还要把荀彧的官衔由代理尚书令晋升为正式尚书令，经荀彧数次辞谢才作罢。
力谏北征 赤诚忠魂
官渡之战后，曹操认为袁绍损失惨重，将一蹶不振，不会再有什么作为了。他想亲率大军往南去攻打荆州刘备。荀彧认为此计不妥，对曹操说：“袁绍因新近打了大败仗，全军上下人心惶惶，你为什么不乘着这个大好时机平定河朔，而去远征江汉呢?倘若袁绍得到机会喘息，重整旗鼓，乘虚攻击我们后方，到时，我们腹背受敌，一切都已经晚了。”曹操又接受了荀彧的主张，仍一心一意对付袁绍;率军驻扎在黄河南岸。不久，袁绍病死。袁绍之子袁谭、袁尚为争夺继承权发生火并。曹操按荀彧的谋划，于203年三月攻克冀州门户黎阳。袁氏兄弟败退邺城。曹操佯攻刘表，诱使袁氏兄弟互相厮杀。曹操见时机已到，便又挥师北上，攻克邺城，平定河北，自任冀州牧。
荀彧在分析和判断问题上一向以高瞻远瞩，富有远见卓识而著称，曹操对荀彧在谋划官渡之战和力主北伐上的预见性给予了极高的评价。后来，他又接受了荀彧的建议，于208年再度挥师南下讨伐刘表。荀彧对曹操说：“如今北方已经平定，南方的刘表就是目前您统一的最大障碍了。他现在已经对您构成威胁，而这正是出兵消灭他的时机。您可以派大军出叶县宛城，佯动出击，暗中则命令精锐骑兵抄小路，火速插到襄阳，乘其不意，攻其不备。”曹操依计行事，战事十分顺利。曹军南下途中，刘表病死。曹操不费一兵一卒，直达宛城，刘表嗣子刘琮投降，曹操率兵追击刘备，直达江陵，九月，轻松占据荆州。
荀彧与曹操相处多年，私交甚深。曹操主动将女儿安阳公主嫁给荀彧的长子荀恽，结为秦晋。荀彧不仅足智多谋，而且德高望重，被人们奉为楷模。钟繇视苟或为孔丘的弟子颜渊，常自叹弗如。司马懿也对荀彧有很高的评价。
公元212年，董昭等人建议将曹操进爵为国公，并加九锡，以表彰曹操的巍巍战功，这是朝廷中拥曹派的一次重要举动。所谓“九锡”，指的是古代帝王尊礼大臣所给的九种器物，亦即大臣在车马、衣服、乐器、门户、庭阶、警卫、仪仗等方面所享有的特殊规格，是一种至高无上的荣誉。王莽在篡汉建立新朝之前，也曾先加九锡。董昭等人私下与荀彧商量，试探荀彧的态度。荀彧身为汉朝重臣，自幼受封建正统观念的熏陶，自然要恪守封建道德，只想尽忠汉帝，而不想成为汉朝的贰臣。他也发现此时曹操已是野心勃勃，想取代汉朝。于是他劝曹操说：“曹将军兴义兵旨在匡扶汉朝，安定国家，应该秉忠贞之诚心，守退让之实意。”劝他不宜进爵国公，接受九锡之赐。
