同治皇后阿鲁特氏生于咸丰四年(1854)，她的父亲是大清“立国二百数十年满、蒙人试汉文”唯一摘得状元桂冠的旗人崇绮。清廷为了笼络汉族知识分子，一甲前三名状元、榜眼、探花一般都是为汉人所得。因此同治四年(1865)崇绮被钦点为状元时，引起了满朝议论。还是众大臣商议“只论文章，何分旗汉”，才确定了他的状元名号。
出生在这么一个书香门第，阿鲁特氏自幼受到父亲的教导和熏陶，文化修养颇高。她容貌俊俏，书法娟秀，左手能写一手好书，美名传遍了满洲和蒙古各部。
同治十一年(1872)，同治已经17岁了，两宫皇太后决定为皇帝选后立妃。在皇后的人选问题上，慈安太后和慈禧太后的意见出现了分歧。慈安看中了翰林院侍讲崇绮的女儿阿鲁特氏，认为她淑慎端庄、知书达理，足以母仪天下，唯一美中不足的是她比同治大了2岁;而慈禧更倾向于选择员外郎凤秀的女儿富察氏，认为她聪颖俏丽，且出身高贵。据说慈禧选择富察氏还有更深一层的考虑，那就是富察氏年轻，阅历浅，易受摆布。
两宫太后僵持不下，于是将选择权交给了同治。慈禧原以为自己的亲生儿子会按照自己的旨意办事，谁知同治对阿鲁特氏一见倾心，将玉如意递给了她。慈禧大为恼火，对阿鲁特氏有了芥蒂。
在慈安和同治的坚持下，慈禧不得不屈服。同年二月，两宫太后颁布懿旨立阿鲁特氏为皇后，同时，封富察氏为慧妃，知府崇龄之女赫舍里氏为瑜嫔，前任副都统赛尚阿之女阿鲁特氏为珣嫔。
在这几位后宫妃子中，慧妃年龄最小，瑜嫔、珣嫔容貌出色，但皇后蕙质兰心、文采出众，《清宫词》里有一首赞美她的诗：
咏同治皇后
蕙质兰心秀并如，花钿回忆定情初。
珣瑜颜色能倾国，负却宫中左手书。
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