至和二年二月，韩琦以疾自请改知相州(今安阳市)。在家乡，建造昼锦堂于州署后园。嘉祐元年(1056)七月，韩琦被召还为三司使。八月，拜枢密使。三年六月，韩琦拜同中书门下平章事、集贤殿大学士。六年闰八月，迁昭文馆大学士、监修国史。
韩琦就职朝廷枢要位置，首先遇到的一大难题就是仁宗的建嗣问题。仁宗三个儿子早亡，皇嗣迟迟未定，而从至和三年(1056)开始，仁宗就时常犯病，一时人心恐慌，议论纷纷。大臣们接连上疏，极力劝说仁宗早立皇嗣以固根本，当中尤以包拯、范镇言辞恳切，但仁宗并不放在心上。
嘉祐二年(1057年)，苏辙进士及第，不久就给枢密使韩琦写信，希望得到他的提携，这封信也就是后来著名的《上枢密韩太尉书》。
嘉祐三年(1058年)，出任宰相。英宗即位后，封为魏国公。神宗赵顼即位以后，出判相州。作为元老重臣，他一直反对王安石变法，宋神宗一度有所感悟：“琦真忠臣，朕始谓可以利民，不意害民如此。且坊郭安得青苗?而使者亦强与之。”
嘉祐六年(1061)，韩琦再提建储之事，认为“皇嗣者，天下安危之所系。自昔祸乱之起，皆由策不早定”，并与参知政事欧阳修等人再三苦劝，仁宗终于同意立堂兄濮安懿王赵允让之子宗实(赐名赵曙)为皇太子。七年九月，韩琦封仪国公。
嘉祐八年(1063)三月，宋仁宗病死。赵曙即帝位，是为宋英宗。英宗即位之初，因病由慈圣太后曹氏垂帘听政。皇太后思想守旧，一些宦官不断向太后说英宗坏话，致使两宫嫌隙萌生，关系颇为紧张。为了调解两宫矛盾，韩琦和欧阳修费了不少精力。韩琦、欧阳修进见太后，太后呜咽流泪，诉说自己的委屈，并说：“老身殆无所容，须相公作主!”韩琦说：“此病故耳，病已，必不然。子疾，母可不容之乎?”欧阳修也一道委婉劝说。见到英宗，英宗则又对韩琦说：“太后待我无恩。”韩琦劝慰道：“自古圣帝明王，不为少矣。然独称舜为大孝，岂其余尽不孝耶?父母慈爱而子孝，此常事不足道;惟父母不慈，而子不失孝，乃为可称。但恐陛下事之未至尔，父母岂有不慈者哉。”从此以后，两宫关系渐渐缓和。治平元年(1064)五月，英宗病愈，在韩琦的劝说催促下，皇太后撤帘，降手书还政。闰五月，韩琦进右仆射，封魏国公。
韩琦身为宰相，却始终以边事为念，他曾多次就边防问题向英宗陈说方略，建议在河北、河东、陕西等路“籍民为兵”，以为“义勇”，三丁选一，于手背刺字，农闲练兵，战时防御，既可增强军事力量，也能减少冗兵军费。
治平三年冬，英宗病重，再度建嗣问题表面化。韩琦进言说：“陛下久不视朝，愿早建储，以安社稷。”英宗点头同意，于是确立颍王赵顼为皇太子。四年正月，英宗病死，赵顼即位，是为宋神宗。韩琦拜司空兼侍中。
神宗即位不久，御史中丞王陶弹劾韩琦，说他自嘉祐以来，专执国柄，君弱臣强，且“不赴文德殿押班”，专权跋扈。神宗知道王陶在诬告，罢了他的官职，但韩琦仍坚决辞职。神宗挽留不住，任命他为镇安、武胜军节度使、司徒兼侍中、判相州。韩琦辞退所授两镇，后改为淮南节度使。正在这时，宋守边大将种谔擅自对西夏发起突袭，一举攻占绥州(今陕西绥德)，边界气氛骤然紧张，朝廷忧虑。韩琦在尚未赴任的情况下，又奉旨改判永兴军(今西安)，经略陕西。朝中一些大臣认为绥州孤绝难守，主张放弃。韩琦坚决反对。一个月后，西夏国主李谅诈去世，战事暂告平息。
熙宁元年(1068)七月，韩琦复判相州。在相州任上还未满三个月，河北地震，黄河决口，大批灾民流离失所。神宗赐手诏给韩琦，让他迁判重灾区的大名府(今河北大名)，并被准许便宜从事。大名之任长达五年，恰逢神宗任用王安石变法，他坚决抵制。
韩琦是怎么死的
熙宁二年(1069)二月，王安石为参知政事，开始进行变法。九月，颁行“青苗法”。三年二月，韩琦上疏反对青苗法，认为青苗法不论贫富，一律按户等配借青苗钱，上三等户及坊郭大户本是兼并之家，也可贷给青苗钱，这种做法根本不能“抑兼并、济困乏”。神宗看了韩琦的奏疏，一度动摇了变法决心。他对执政大臣说：“琦真忠臣!虽在外，不忘王室。朕始谓可以利民，今乃害民如此!且坊郭安得青苗，而亦强与之乎?”王安石将韩琦的奏疏拿到“制置三司条例司”，逐条批驳，公布于天下。后来韩琦又上疏，申辨愈切。此后，韩琦还对“免役法”、“市易法”等提出了反对意见。针对辽朝利用宋朝与西夏战争和国内危机时要求割让领土，韩琦也表示应该拒绝辽朝的无理要求，献策加强防范，增强对辽朝的军事准备，用武力抗击侵略，洗雪旧耻。“臣今为陛下计，宜遣报使，且言：‘向来兴作，乃修备之常，岂有它意。疆土素定，悉如旧境，不可持此造端，以堕累世之好。’可疑之形，如将官之类，因而罢去。益养民爱力，选贤任能，疏远奸谀，进用忠鲠，使天下悦服，边备日充。若其果自败盟，则可一振威武，恢复故疆，摅累朝之宿愤矣。”
熙宁六年二月，韩琦还判相州，第三次为官家乡，终于实现了“仕宦至将相，富贵归故乡”的愿望。熙宁八年(1075)六月在相州溘然长逝，享年68岁。神宗御撰墓碑：“两朝顾命定策元勋”。谥忠献，赠尚书令，配享英宗庙庭。 后遗作编为《安阳集》。
韩琦“相三朝，立二帝”，当政十年，与富弼齐名，号称贤相。
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