神策军溃散，田令孜无奈再次带领僖宗于光启元年十二月逃亡到凤翔(今陕西宝鸡)。黄巢占领长安时，宫城建筑保存完好，而这次诸道兵马进入长安，烧杀抢掠，宫室坊里被纵火烧焚者十有六七，“宫阙萧条，鞠为茂草”。
此时，各地节度使对宦官田令孜的专权十分不满，不少人把打击的矛头对准了田令孜。朱玫本想劫持僖宗，因田令孜挟持僖宗从大散关逃到兴元(今汉中)而没有成功，就将因病没有跑掉的襄王李煴挟持到长安立为傀儡皇帝，改元“建贞”。僖宗被尊为“太上元皇圣帝”，实际上就是太上皇。时在光启二年(886)十月(一说五月)。
这一政治变故导致了各节度使与朝廷关系的新变化。僖宗以正统为号召，把王重荣和李克用争取过来反攻朱玫，同时密诏朱玫的爱将王行瑜，令他率众还长安对付朱玫。光启二年十二月，王行瑜将朱玫及其党羽数百人斩杀，又纵兵大掠。这年的冬天，异常寒冷，城里九衢积雪，一直没有融化。王行瑜率兵入城当夜，寒冽尤剧，长安城遭受抢掠剽剥之后，僵冻而死的百姓横尸蔽地，惨不忍睹。一些官员奉襄王李煴逃奔河中，王重荣假装迎奉，将襄王李煴抓住杀死，并把他的首级函送行在，即僖宗所在的兴元。
长安襄王李煴事变平息后，不少官员遭到杀戮，田令孜被贬斥，僖宗也打算重回京师了。光启三年(887)三月返京的队伍刚刚到达凤翔，节度使李昌符就以等待长安宫室修缮完工为名强行滞留。到了六月，天威军与李昌符发生火拼，李昌符进攻僖宗行宫，兵败出逃陇州，僖宗命扈驾都将李茂贞追击。七月，李昌符被斩。
经过这样几番折腾，僖宗的身体也垮了。光启四年(888)二月，病中的僖宗终于又一次回到长安，在拜谒太庙以后，举行大赦，改元“文德”。三月三日，僖宗得“暴疾”，文德元年(888)三月六日，27岁的僖宗终于在颠沛流离之后离开了人世。幸运的是，他虽然是几度逃离京师，却是在长安宫中的武德殿驾崩的，而且在当年的十二月被葬在了靖陵(位于今陕西乾县铁佛镇南陵村)。
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