僖宗即位时还是个幼弱的孩子，自然缺乏必要的理政能力，政事处置全部听由宦官之口——他们废长立幼，没有选择懿宗的长子而拥立12岁的皇子大概就有这样的考虑。僖宗在位期间最信任的宦官是田令孜。僖宗自幼就由田令孜照顾起居，感情上很是有些倚赖，并称呼田令孜为“阿父”，即位后便任命他做了神策军中尉。这样，僖宗朝的重大决策都掌控在田令孜手中了。
僖宗生于深宫之中，长在宦官之手，宫中生活场景能够带给他的就是可以肆无忌惮地游乐。事实上，他也的确是一个热衷游乐的皇帝。他喜欢斗鸡(《唐语林》说是“斗鸭”)、赌鹅，喜欢骑射、剑槊、法算、音乐、围棋、赌博，游玩的营生他几乎无不精妙。他对打马球不仅十分迷恋，而且技艺高超，他曾经很自负地对身边的优伶石野猪说：“朕若参加击球进士科考试，应该中个状元。”石野猪回答说：“若是遇到尧舜这样的贤君做礼部侍郎主考的话，恐怕陛下会被责难而落选呢!”僖宗听到如此巧妙的回答，也只是笑笑而已。
如果是太平之世的君主，搞一些喜欢的运动也无可厚非，但是僖宗在位时，政局已经非常混乱。懿宗时期担任翰林学士的刘允章在《直谏书》中已用“国有九破”描绘过当时紧迫的局势：“终年聚兵，一破也。蛮夷炽兴，二破也。权豪奢僭，三破也。大将不朝，四破也。广造佛寺，五破也。赂贿公行，六破也。长吏残暴，七破也。赋役不等，八破也。食禄人多，输税人少，九破也。”对天下苍生的生存状态，他总结了“八苦”、“五去”。八苦是：
官吏苛刻，一苦也。私债征夺，二苦也。赋税繁多，三苦也。所由乞敛，四苦也。替逃人差科，五苦也。冤不得理，屈不得伸，六苦也。冻无衣，饥无食，七苦也。病不得医，死不得葬，八苦也。
五去是：势力侵夺，一去也。奸吏隐欺，二去也。破丁作兵，三去也。降人为客，四去也。避役出家，五去也。
刘允章还说：“人有五去而无一归，有八苦而无一乐，国有九破而无一成，再加上官吏贪污枉法，使天下百姓，哀号于道路，逃窜于山泽。夫妻不相活，父子不相救。百姓有冤无处诉，有苦无处申。他们的出路何在呢?”
刘允章所说的严峻局面到僖宗朝不仅没有丝毫好转，而且是日益加剧。就在僖宗即位不久，爆发了濮州(今河南濮阳东)人王仙芝、冤句(今山东曹县北)人黄巢领导的大起义。黄巢是盐贩出身，由于唐朝末年食盐专卖，官盐价格昂贵，老百姓有吃不起盐而“淡食”者，所以造成了很多的私盐贩子，他们纷纷组织起来甚至搞武装贩运，这对于黄巢后来领导大规模的起义很有帮助。
黄巢起义爆发以后，州县欺瞒上级，朝廷不知实情。各地拥兵的节度使为求自保，坐视观望，所以起义军发展很快。后来，黄巢率部南下进攻浙东，开山路700里突入福建，攻克广州，而后又回师北上，克潭州，下江陵，直进中原。僖宗虽然对这一局势也很紧张，但并没有停止继续寻欢作乐，甚至在他为逃离长安做准备而任命剑南和山南道节度使时，竟然是用打马球赌输赢的办法决定人选。
广明元年(880)十一月，由于唐军士气低落，所以高骈的镇压很不力，黄巢起义军攻克洛阳，十二月，轻易拿下潼关逼近长安。僖宗君臣束手无策，相对哭泣，宰相卢携因畏惧自杀。田令孜率五百神策军匆忙带领僖宗和少数宗室亲王逃离京城，先逃往山南(汉中)，又逃往四川。僖宗成为玄宗之后又一位避难逃往四川的皇帝。
唐末诗人罗隐有《帝幸蜀》诗咏其事：“马嵬烟柳正依依，又见銮舆幸蜀归。泉下阿蛮应有语，这回休更冤杨妃。”(“阿蛮”是唐玄宗的小名。)号称“秦妇吟秀才”的唐末进士韦庄《立春日作》与此意境相同：“九重天子去蒙尘，御柳无情依旧春。今日不关妃妾事，始知辜负马嵬人。”不久黄巢进长安，建国号大齐，年号金统。而僖宗在四川躲避了整整4年。
在这期间，僖宗得到了喘息，他利用川中的富庶和各地的进献，组织对黄巢的反扑。义武镇节度使王处存、河中节度使王重荣等积极组织对黄巢的打击，出身沙陀族的河东太原李克用也率兵入援以助朝廷，尤其是被僖宗委以京城四面行营都统的凤翔节度使郑畋，得到了“便宜从事”的权力，更是积极组织围攻长安的黄巢。后来宰相王铎又被任命为诸道行营都统来发动对黄巢的进攻，原来首鼠两端的藩镇，也开始为了自己的私利而主动对朝廷表达忠心。
起义军由于自身存在弱点，加上军粮不足，内部发生了分歧和分化，一些将领接受了朝廷招安，形势发生了逆转。黄巢派驻同州重镇的防御使朱温在中和二年(882)九月投降，僖宗大喜过望，认为是“天赐我也”，赐名朱全忠。但僖宗没有想到，唐朝的江山社稷最终就是被这个朱全忠夺了去。
起义军在唐朝官军的反扑下，被迫退出长安，最后力尽兵败，黄巢在山东泰安的虎狼谷中自杀而亡。经过黄巢起义军的打击，唐朝数百年的基业已不复旧貌。此时，李昌符据凤翔，王重荣据蒲、陕，诸葛爽据河阳、洛阳，孟方立据邢、洺，李克用据太原、上党，朱全忠据汴、滑，秦宗权据许、蔡，时溥据徐、泗，朱瑄据郓、齐、曹、濮，王敬武据淄、青，高骈据淮南八州，秦彦据宣、歙，钱镠据浙东，他们都是各擅兵赋，迭相吞噬，朝廷不能制，成为实际上的地方割据势力。朝廷所能够控制的地区不过河西、山南、剑南、岭南西道数十州而已。
光启元年(885)正月僖宗自川中启程，三月重返长安。数年惊魂还没有来得及稳定，便又遭遇了新的动荡。事情是这样的：僖宗宠信的宦官田令孜因企图从河中节度使王重荣手中夺得池盐之利而与之交恶，田便联合邠宁节度使朱玫和凤翔节度使李昌符向王重荣开战。中和五年(885)三月荣则求救于太原李克用，二人联手大败朱玫和李昌符，进逼长安。