毓贤这个人的定性有点复杂，说他是民族罪人吧，他的确是一个爱国者，对大清的忠贞一片诚心可感天地;说他是民族英雄吧，他的“爱国”行为却为大清带来了巨大灾祸。从毓贤身上，既可以看出历史人物的复杂性，也可以看出历史吊诡的一面。
作为晚清政治舞台上名臣的毓贤，是以极端排外著称的，这个人是监生出身，他的官是捐来的，清光绪五年(1879年)，由选用同知捐纳知府派分山东，在山东工作了二十多年，光绪二十五年(1899年)被授山东巡抚，成为山东最高行政长官，成为主政一方的封疆大吏，达到了仕途升涯的顶峰。
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毓贤对中国政治的最大影响，就是一手扶持了义和团，可以说，如果没有毓贤的大力支持，义和团运动不会发展到后来的地步。毓贤是有名的酷吏，在官场上被称为“屠户”，在曹州任知府4年，采用大批逮捕、滥用酷刑和大批屠杀的恐怖手段进行统治。对于义和团，毓贤一开始也是“无情剿杀”，但后来，却变“剿”为“抚”，由全力镇压转变成全力扶持，促使他转变的原因是什么呢?其实是缘于他的那颗“忠君爱国”之心。
毓贤忠于皇室、热爱大清，当时清国最大的敌人，就是蛮夷，在半个世纪的时间里，清国一败再败，先败于英国，再败于日本……作为一个爱国者，毓贤对此痛心不已，因此他极端仇视外国人，恨不得将中国境内的外国人全部杀光。但作为弱势一方的清廷，无力与外国人对抗，但在剿杀义和团的过程中，特别是在平原事件后，毓贤却有了一个重大发现，就是外国教会势力比义和团对清朝统治的威胁更为严重，而义和团是反教会、反洋人的，因此，可以成为抗拒洋人势力的重要力量。
如此一来，他对义和团的镇压就不像以前那样卖力了，他改“义和拳”为“义和团”，采取了由“剿”变“抚”的策略。光绪二十四年，他提出“化私会为公举，改拳勇为民团”的主张，升任山东巡抚后，明确表示“民可用，团应抚”，并特意在省城济南设场招纳拳民，令义和拳民教授兵勇拳艺。对于平原、高唐、茌平一带朱红灯、本明和尚(后改名心诚和尚)等义和拳领袖设场授徒、攻击教堂、打击教士的行为，他坐视不管，且暗中支持，客观上推动了义和团组织的壮大。
光绪二十五年(1899年)7月，平原县杠子李庄教民李金榜欺压拳民，知县蒋楷袒护教民、派兵捉拿拳民，引发武装冲突，毓贤闻讯后，一面派兵弹压，一面将蒋楷等人撤职查办，又派济南知府卢昌诒“亲往抚绥”平原义和拳，并通令山东各地义和拳、大刀会等一律改称“民团”，允许朱红灯所部义和拳建旗帜，皆署“毓”字，自此，山东义和拳声势越来越大。
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毓贤对义和团的支持，引起了外国势力的极大愤怒，视其为纵容义和团的“罪魁祸首”。清光绪二十五年(1899年)十一月，清政府迫于压力，将毓贤撤职，改派袁世凯任山东巡抚。去职后的毓贤回到北京后，依然不忘向端王载漪、庄王载勋、大学士刚毅等力荐义和团，并在面见慈禧太后时，向慈禧推荐义和团，毓贤的游说行为，使“义和团可用”思想渗透到清国上层统治者的思想中，为日后向各国宣战埋下了伏笔。
1900年，毓贤被重新起用为山西巡抚，这样一来，他又有了施展的机会，毓贤到山西后，排外更加激烈，对拳民首领待若上宾，唆使义和团焚烧教堂及屠杀教民，之后又以保护传教之名，命全省教士集中到省城太原的一间房子里，于1900年7月9日，在巡抚衙门西辕门前，将这46人尽数杀害(12名天主教方济各会的意大利籍主教、修士和修女，34名英国浸信会传教士，包括11名幼童);毓贤还亲手杀死了天主教山西北境教区正主教艾士杰;在他主政期间，据不完全统计，山西全省共杀传教士191人、中国教民及其家属子女1万多人，焚毁教堂、医院225所，烧拆房屋两万余间，是各省中死人最多的一个省。
毓贤的所作所为，激化了清国与列强的矛盾，致使列强再度与中国兵戎相见，导致了后来的“庚子国难”，英、美、法、俄、德、日、意、奥八国组成的侵略联军，于1900年6月由英国海军中将西摩尔率领，从天津租界出发，向北京进犯，8月12日，联军不费一枪一炮占领了北京的门户通州，北京城危在旦夕。
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8月14日凌晨，联军在获悉俄军已经提前发起对北京的进攻后，日、美、英三国军队也随后投入了战斗，到晚上9点，4支外国军队相继攻入北京的外围城墙，开始向东交民巷推进，当晚，法、奥、意三国军队从通州进入北京，至此，北京外城、内城攻防战结束，联军把进攻的矛头转向了皇城和紫禁城，8月16日，清军在京城各处与联军展开巷战，战至晚间，联军占领了北京全城。
当天，各国军队指挥官下令“特许军队公开抢劫三日”，北京城陷入了空前的劫难之中。联军攻入北京之后，作战行为演变成了一场复仇行动，从破城之日起，联军肆无忌惮的大屠杀就开始了。伴随屠杀的是抢劫，进城后，联军特许军队公开抢劫3日，这种被认为合法的抢劫活动在德军到来后继续扩大，持续了至少8天。联军在北京还烧毁了大量建筑，北京城遭到严重地破坏……