在武则天当政时期，狄仁杰还遭遇了人生最大的危机，那次的对手是武承嗣和著名酷吏来俊臣。
武承嗣认为，狄仁杰将来一定会成为自己被立为皇嗣的最大障碍。因此，他就指使酷吏来俊臣诬告狄仁杰等人谋反，并随即将狄仁杰逮捕下狱。
当时法律中有一项条款：“一问即承反者例得减死。意即如果一个人主动承认自己有谋反罪可以减轻罪行，其意思接近于今天所说的“坦白从宽，抗拒从严”。
来俊臣逼迫狄仁杰承认“谋反”，狄仁杰随即予以完全承认：“谋反是事实!”得到了狄仁杰的口供，来俊臣满心欢喜，也就放松了对狄仁杰的警惕。
谁知，狄仁杰只是用这招儿来麻痹来俊臣的。其后，狄仁杰趁狱吏不备，偷偷写下了上诉材料，悄悄放在了自己的棉衣之中，并请狱吏转告家人将棉衣取走。
最后，狄仁杰的儿子将上诉材料转到了武则天的手中。
于是，武则天亲自召见狄仁杰，当面询问他：“你当初为什么主动承认谋反?”
狄仁杰平静地回答：“假如我不承认谋反，估计我早就死在来俊臣的皮鞭之下了，又怎么能再见到皇上呢?”
狄仁杰以自己的机智逃过了一劫，但从此他也就和武承嗣成了死对头。
从生前算到死后
在狄仁杰为相的几年中，武则天对他的信任令其他人望尘莫及。譬如，武则天常称狄仁杰为“国老”，而很少直呼其名。对于老年的狄仁杰，武则天更是显示出了温情的一面：朝堂之上，武则天特许狄仁杰不用跪拜;武则天还曾多次告诫朝中官吏：“非军国大事，勿以烦公(指狄仁杰)。”对狄仁杰可谓优渥有加。
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在武则天的朝堂里，狄仁杰地位之崇高，无人可出其右。这让狄仁杰有机会对武则天之后的继任者做出从容安排。
武承嗣是武则天的侄子，一直渴望成为太子，而武则天则犹豫不决。狄仁杰抓住机会，以亲情打动武则天。
狄仁杰对武则天说，立太子之事，事关重大，有很多因素应该考虑进去，但第一要考虑的是自己。无疑，人都是要死的，因此，我们才需要选定接班人。如果接班人选得好，自己的路线方针政策将被执行，自己的灵位也能被后人供奉;如果接班人选得不好，那么自己生前所做的一切都有可能被推翻，自己将来的灵位也会被人抛弃。也是从这个意义上说，选择接班人首先应该选择在血缘上和自己最近的人——只有血缘最可靠。最现实的方法就是，您应该立您的亲生儿子为太子。如果您立了您的儿子，将来您就是皇帝的母亲，配享太庙也是理所当然;而您要是立了武氏的后人为太子，那么将来您只能是未来皇帝的姑母，侄子让姑母配享太庙，这事似乎有些悬!
很显然，狄仁杰的话对于武承嗣很有杀伤力，最终也打动了武则天。她决定立自己的儿子为太子，武承嗣最终失去了继承武则天皇位的可能。
这就从体制上保证了狄仁杰不会被武承嗣清算，作为副产品，李唐王朝也借此完成了复辟。
为了确保自己死后武承嗣不会死灰复燃，狄仁杰生前还精心挑选了自己的接班人，此人就是张柬之。
有一天，武则天向狄仁杰征求宰相人选，狄仁杰毫不犹豫地说：“荆州长史张柬之是个难得的人选，这个人虽然老了些，但却是真正的宰相之才。这个人一辈子没被人发现，如果您用他做宰相，他一定会为国家鞠躬尽瘁。”
于是，武则天将张柬之的官职由长史升为司马。
过了一段时间，武则天又让狄仁杰推荐宰相人选，狄仁杰笑了一下，说道：“我以前曾经推荐过张柬之，到现在也没见您用这个人啊。”
武则天说道：“怎么没用啊?我早就把他升为司马了。”
狄仁杰不慌不忙地说：“我给您推荐的是宰相人选，您却让他去做司马，当然算没有任用。”
后来，张柬之果然被任命为宰相。
《唐书》记载，久视元年(700年)，狄仁杰去世。悲痛的武则天说出了一句流传千古的悼词：“朝堂空也!”
当武则天病重时，宰相张柬之没有辜负狄仁杰的期望，果断起事，仅仅用了半个时辰，就完成了将政权回归李唐的政变。
不久，李氏重掌乾坤，狄仁杰先是被迫封为司空，后又被迫封为梁国公。
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