永乐二十二年(1424年)七月十八日，65岁的朱棣在北征返京的途中病逝，英国公张辅、阁臣杨荣为了避免朱高煦、朱高燧趁机作乱，因此秘不发丧，将军中的漆器融成一口大棺材，将朱棣的遗体装入棺材中，每日还是照例进餐、请安，只是皇帝的车帘再也没有掀开、皇帝也再没有说话，军中一切如常，同时，派杨荣与太监海寿进京密报，朱高炽得知后立即派儿子朱瞻基出京迎丧，由于大臣们的精心安排，总算没有爆发什么叛乱，政权得以平稳过渡。
朱高炽直到永乐二十二年(1424年)八月二十五日才得知朱棣之死，这时皇帝的代表带着传位的遗诏到达北京。他立刻与吏部尚书蹇义、大学士杨士奇和杨荣商量。他下令加强京城的治安，并派大太监王贵通去南京任镇守。次日，他释放了前户部尚书夏元吉;夏因反对第三次远征蒙古而在当年四月被朱棣囚禁。九月七日他正式登基，颁布了大赦令，并定次年为洪熙元年。同一天，他采纳夏元吉的建议，取消了郑和预定的海上远航，取消了边境的茶、马贸易，并停派去云南和交趾(安南)的采办黄金和珍珠的使团。他重新命夏元吉和另一名被贬的官员吴中分别任户部尚书和工部尚书。朱高炽以这些行动开始取消或调整他父亲的行政政策。
朱高炽即位后开始了一系列改革，首先赦免了建文帝旧臣和永乐时遭连坐流放边境的官员家属，并允许他们返回原处，又平反冤狱，使得许多冤案得以昭雪(如建文忠臣方孝孺的“诛十族”惨案，永乐朝解缙的冤案都在这一时期得到平反)，并恢复一些大臣的官爵，从而缓和了统治集团内部的矛盾。
最后，在他死前的一个月，朱高炽在扭转其父政策方面采取了一个最激烈的措施，即把京师迁回南京。据说此举是夏元吉和其他高级朝廷官员作为把资源从北方边境转移出来的策略的部分行动而强烈要求的。朱高炽自他登基时起，显然已有此意;这时他已设南京守备，并派他信任的将军和宦官去指挥。朱高炽对朱棣的北征不感兴趣，也不喜欢北京;此外，他在南京当过监国，熟悉南京的情况，感到那里更为舒适。另外他还关心维持北方首都的费用，这项费用不但大大地增加了中国东南的负担，也使各政府部门难以应付。
洪熙元年(1425年)四月十六日，他定北京所有政府部门为行在。半个月后，他派皇太子朱瞻基到南京去拜谒朱元璋的皇陵，并留在那里负责。尽管南京地区有地震的报告，但皇帝的返回和他朝廷的南迁势在必行。然而朱高炽在实施这一行动前死去。此外，他的继承者宣德帝朱瞻基并未参与这一计划，朱瞻基与永乐帝更亲近，对偏向北方的政策不那么讨厌。北京依然是京师，南京又成了辅助性的都城。
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