公元1624年，荷兰殖民主义者侵略中国东南沿海，占领了台湾。38年后，也就是康熙元年，即公元1662年，郑成功从荷兰殖民主义者手中收复了台湾。不久，郑成功去世，其子郑经继位。之后，台湾郑氏集团内部矛盾重重，郑经与其叔父郑世袭为争夺权力发生火并，政治上越来越走下坡路。而清朝由于当时国内棘手问题很多，对台湾不能以武力征服，也主要采取“招抚”政策。这样，使得郑氏集团暂时取得了一个喘息时机，得以在台湾维持20年时间的割据统治。
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为了实现天下的统一，在康熙元年至康熙八年，清廷多次选派重臣或在厦门，或渡海招抚郑经，但因郑经顽固地坚持所谓“朝鲜例”而一直招抚未成。康熙七年，即公元1668年初，康熙皇帝令施琅来京师，商讨解决台湾问题的大计。施琅到京师后，详陈武力统一台湾的意见，但因当时天下初定，沿海地区人心未稳，施琅的意见未被采纳。不过，康熙意识到武力统一台湾只是时间问题，因此尽管未采纳施琅的意见，但命其为内大臣，留在京师，以备应急之用。据《康熙勘定台湾记》记载，康熙八年，“帝又亲颁谕旨，委派重臣，赍诏书前往招抚，无奈郑经一意孤行，招抚未果。”
康熙十二年，即公元1673，南方发生了“三藩”之乱。郑经利用清廷忙于平定吴三桂、耿精忠叛乱之机，率军攻占了闽、粤沿海的泉州、漳州、兴化、潮州、惠州五府和闽西北的汀州、邵武两府。康熙十五年，即公元1676年，清廷派军队入闽，由于耿精忠又反水降清，与清军联合攻打郑经，郑经孤军不支，只好退守金、厦。
当时清军因吴三桂叛乱尚未平息，无力渡海，所以仍采取招降政策。这样，清军与郑经仍成对峙局面。其后，清廷派康亲王杰书、福建总督姚启圣极力招抚郑经。尽管郑经一再拒绝招抚，但由于其部属将领和兵丁纷纷降清，郑经被迫收缩防务，主要兵力撤回台湾。康熙十九年，即公元1680年三月，清军收复了金门和厦门两地。
当年底，清朝平定了三藩之乱。此时除台湾以外的全国大陆基本统一，只有台湾继续孤悬海外，不利于中央集权国家的巩固和统一。因此，收复台湾势在必行。
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随着收复台湾、国家统一的呼声高涨，康熙皇帝决定加快解决台湾问题的步伐。但清廷内部在是否武力统一台湾问题上颇有分歧。朝廷一部分大臣认为，天下初定，“凡事不宜开端，当以清静为主”，主张缓征台湾。福建地方的水师提督万正色也上奏认为“台湾断不可取”。福建海防长官宁海将军喇哈达等也持反对态度。许多朝中大臣“咸谓海洋险远，风涛莫测，长驱制胜，难计万全”，力主放弃武力征讨。而内阁大学士李光地、福建总督姚启圣、福建巡抚吴兴祚等官员力主乘机攻取台湾。康熙皇帝在经过一段犹豫之后，最后下决心用武力收复台湾，以“底定海疆”，实现其一统海内的宏图。
康熙二十年，即公元1681年六月，康熙皇帝发布诏令：“郑经既伏冥诛，贼中必乖离扰乱，宜乘机规定澎湖、台湾。”并令总督姚启圣、巡抚吴兴祚、提督诺迈、万正色等，与将军喇哈达、侍郎吴努春“同心合志，将绿旗舟师分领前进，务期剿抚并用，底定海疆，毋误事机。”他还决定起用施琅为福建水师提督，作为攻台主帅，“委以独任专征”大权，到福建统领军队进取台湾。他下诏书宣布：“今诸路逆贼俱已歼除，应以现在舟师破灭海贼。原任右都督施琅系海上投诚，且曾任福建水师提督，熟悉彼处地形、海寇情形，可仍以右都督充福建水师提督总兵官，加太子少保，前往福建准备收复台湾。到日即与将军、总督、巡抚、提督商酌，克期统领舟师进取澎湖、台湾。”
施琅降清后，曾一度出任福建水师提督，率领福建水师自福州的东山渡海攻台，至清水洋因遇风折回，所以，他对台湾海峡一带海上形势、地理环境、天文风候十分熟悉，这就为清军取胜创造了有利条件。施琅到达福建后，迅速组织起一支由原郑氏降兵及福建新练水师为主的水军，这支军队既熟悉海情，又有多年海上作战经验，同时又配备有精良大炮的高大坚固、行驶迅捷的战船，只待选择战机，准备渡海作战。
郑军当时派出能攻善守的大将刘国轩率精兵2 万余名，大小船舰200 余艘，并“缘岸筑短墙，置腰铳环20余里的壁垒”，固守澎湖。康熙二十二年，即公元1683年六月十四日，施琅率领战船300 余艘，水师2 万余人，自东山出洋。清军利用“风利舟快，瞬息飞驶，居上风上流之势，压攻挤击”，一鼓作气，经过七八个小时激战，大败郑军。刘国轩率所剩几只小舟逃回台湾。这样，清军就收复了澎湖列岛。
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澎湖为台湾门户，一旦失守，台湾即失去了屏障。郑军只得上表求降，八月清军胜利进驻台湾。由于郑氏集团政治腐败，所以清廷统一台湾得到台湾各族人民的支持和拥护，清军至台湾时“百姓壶浆相继于路，海兵皆预制清朝旗号以迎王师”。台湾人民是迫切希望国家统一的。
随后，康熙皇帝决定在台湾设台湾府，下辖台湾、诸罗、凤山三县，隶属福建省。台湾、厦门合派一道官管辖。并派兵8千人驻防，设总兵一员，副将二员，澎湖也派副将一员统兵2千人驻防。这样，台湾重新统一于清王朝中央政府的管辖之下。
统一台湾，使台湾重新回到祖国统一的多民族大家庭中，这不仅对国家统一具有重要意义，对台湾的经济、文化的进一步发展也具有重要意义。后来事实证明，台湾经济、文化的进一步振兴，正是在台湾重新统一于清朝中央政权管辖之后才出现的可喜结果。