建成、元吉这么做，显然是得到李渊同意和支持的。其中如取代李世民出任统帅，斥逐房玄龄、杜如晦，让秦府精锐转属元吉等等，更非出之诏敕不可，很可能有些本来就是李渊的主意。但李世民毕竟也是亲儿子，处理起来多少要牵顾父子之情，不能像解决其他政治案件那样果断，那样干脆利落。
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例如武德七年曾发生庆州都督杨文干叛乱事件，此人“尝宿卫东宫，建成与之亲厚”，有人上变诬告“太子使文干举兵，欲表里相应”，这大概出于李世民一伙所指使，但李渊没有彻底追究，“惟责以兄弟不能相容，归罪于〔太子〕中允王珪、〔太子〕左卫率韦挺及〔秦王〕天策兵曹杜淹等，并流之巂州”，用各打五十大板的方式把建成和李世民双方的部属处理几个了事。
因此两年后李世民和建成、元吉的矛盾进一步尖锐，到达水火不相容时，李渊仍不想作出果断措施，而准备召集这三个儿子，由他和重臣大僚裴寂、萧瑀、陈叔达、封伦、字文士及、窦诞、颜师古等来公断曲直。没有预料到李世民会发动玄武门军事政变，来个突然袭击。结果不仅建成、元吉当场被袭杀，李渊被迫立李世民为皇太子，“庶政皆决断”，两个月后更被迫内禅，成为毫无权力、真正“孤家寡人”式的太上皇，当了九年高等政治囚犯而死去，比隋文帝之见杀于杨广总算略胜一筹。
关于武德九年六月四日玄武门之变，陈寅恪先生在《唐代政治史述论稿》的中篇里已有所论述，这里只谈一点和陈先生稍有出入的看法，即这次军事政变对李世民方面来说实属“孤注一掷”。当时李渊之支持建成、元吉，李世民是很清楚的(这也是政变成功后急于要叫李渊退居太上皇的原因之一)。六月四日公断，以剪除过李世民羽翼刘文静的裴寂为首席大臣，其结果之不利于李世民也是可以预计的。即使公断后维持现状，不对李世民作什么大处分，元吉之夺取秦府精锐也是势在必行的，李世民眼看就要成为没有多少实力的空头皇子。再就双方当时的军事力量来看，这时东宫、齐府的兵力合起来已远较李世民在京城里所能控制的来得强大，如果不是在东宫、齐府兵到来前已将建成、元吉袭杀，出示建成、元吉首级使东宫、齐府兵瓦解，李世民一方肯定要失败。这种兵力的不敌，老于行阵的李世民等人岂能不知。所以玄武门之变实是李世民等人处在极端不利的困境中的冒险行动，其成败与否全在能否出其不意地把前来听候公断的建成、元吉袭杀。这当然没有十分把握，使见过大世面的李世民都弄得极为紧张，要占卜一下吉凶。
研究历史的首要任务当然是探索其必然性，但对偶然性也不宜忽视，更不能否认。就当时的历史条件来说，太子和诸皇子以至对皇帝争夺最高权力的事情是必然发生的，但究竟谁胜谁败，像玄武门之变的结局那样，就不能否认有很大的偶然成分。
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