在南明的内部，马士英、阮大铖等人把持了朝政，他们对于东林党的实力大肆打压。而当时的左良玉，正是属于东林党的人士。但由于左良玉的势力比较大，在武昌盘踞了八十万的大军，随时可以倾覆刚刚建立的南明。因此，马士英和阮大铖表面上与左良玉和好，实际上在金陵以西设置防线，用来防备左良玉。
左良玉部下的监军御史黄澍得罪了朝中的马士英，马士英派锦衣卫捉拿他。左良玉为了包庇黄澍，和马士英彻底翻脸。恰好此时在南京发生了“南渡太子案”，一个自称是崇祯太子的人来到南京，被弘光帝捉拿下狱。
姑且不说这个太子的真假性如何，但左良玉觉得这正是一个可以被自己利用的机会，因此假借着太子的名号，用“清君侧”的名义，发动大军开始朝南京进军。
在当时内忧外患的情况下，左良玉清君侧的行为，实属不明智之举，不仅消耗了南明内部的实力，也在一定程度上给了清军有可趁之机。据说左良玉进军在一半的时候，路过扬州。当时扬州的史可法正要准备抗清，见左良玉来了不由大喜。结果左良玉不仅没有帮助他打清军，反而告知他自己要向南京进军，令史可法气得破口大骂。
最终，左良玉清君侧的行动无疾而终，他本人在进军途中去世，接替他位置的是他儿子左梦庚，还没到南京，南京已经被清军攻陷，而左梦庚也在铜陵被黄得功击败，投降了清军。
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