另外，嘉靖皇帝利用明朝最出名的特务机构，锦衣卫和东西厂对各大大臣进行严密的监察，掌握大臣之间的矛盾，利用这些矛盾来平衡朝堂。严嵩把持朝政期间，嘉靖皇帝并没有在意，因为他知道严嵩只是他的传话筒，他已经全面掌控了这个人了。所以，后来严嵩犯了众怒，嘉靖皇帝只发了一道圣旨，严嵩就家破人亡，落了个孤独终老的下场。
嘉靖皇帝在位期间，很好地指挥着大明这艘即将沉没的大船在历史的海洋之中航行着，这样的一个皇帝的确可以称得上是明朝第一明君。
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