窦氏出身显贵，母为东海恭王刘强之女沘阳公主，曾祖父窦融也是开国大将，名门望族之后。但窦融病逝后家族支撑力量就弱了，到窦氏的时候窦家实力更弱。但窦氏天生丽质，聪慧有才，6岁便能写字作文，因此一家人便将光复家族的希望寄托在她的身上。
公元77年，窦氏同妹妹一起被选入宫中。因为她举止言谈有礼，人又长得漂亮，马太后很是喜欢，章帝刘炟(dá)更喜欢她。窦氏进宫以后，与宫中上上下下的人关系都处理得很好，这如同当年马太后入宫一样，群众基础很牢固。一年以后，深得章帝和马太后喜欢的窦氏就顺利地被立为皇后，与她同时进入宫的妹妹也被封为贵人。
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可是窦氏虽然被立为皇后，章帝也仍然还有其他的宠妃，尤其是宋贵人和梁贵人。就在窦氏被立为皇后的这一年，宋贵人生下皇子，也就是章帝的大儿子刘庆，第二年章帝就立长子刘庆为太子。宋贵人觉得母以子贵将来有一天有可能会当上皇后。于是，这让没有孩子的窦皇后非常嫉妒，她觉得宋贵人成了她最大的的威胁。窦氏回去就同母亲密谋，准备陷害宋贵人。于是，窦氏在章帝身边不断挑唆，说宋贵人有诅咒之嫌疑，结果章帝果然对宋贵人和太子疏远了。公元82年，也即建初七年，章帝废掉刘庆太子之位，太子位由窦皇后抚养的儿子刘肇接任。宋贵人无法忍受，服药自杀。
刘肇并不是窦皇后所生，而是章帝宠妃梁贵人所生。梁贵人自知窦皇后嫉妒心强，也更清楚自己不是窦皇后的对手，于是将自己的儿子交给窦皇后来抚养。后来儿子果然被立为太子，梁贵人觉得自己很有远见，儿子成了太子将来她肯定要风得风，要雨得雨。结果这话却传到了窦皇后那里，她为梁贵人这个如意算盘感到非常气愤，然后准备整垮梁贵人。窦皇后又找个事由诬陷梁贵人，梁贵人也中计，也服药自杀了。此时，后宫里的眼中钉几乎被窦皇后全部扫除。在马太后过世以后，她在后宫中几乎是为所欲为了。
公元88年，章帝驾崩，窦太后抚养的太子刘肇即位，是为和帝。此时和帝年仅10岁，尊窦皇后为皇太后。皇上年幼，就由皇太后辅佐，临朝听政，于是窦太后的权力就越来越大了。有她撑腰，窦太后的几个兄弟在朝中也越来越嚣张，窦太后也大力任用自己娘家的人，以巩固自己的地位和势力。
窦氏在掌权后，她的三个兄弟窦宪、窦笃和窦景都成为朝中重臣。但是朝中都是自家兄弟，肯定会有人不服。所以窦太后就起用了跟随光武帝打天下的功臣邓禹的后代邓彪，将政局稳定下来。
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为了增加军费以充实攻打匈奴的军力，窦太后改变章帝时的做法，增加了盐铁税。然而至于派谁去攻打匈奴，还是一件很费脑子的事。这时恰好发生了一件事，窦太后的兄弟窦宪，他见窦太后挺喜欢齐殇王的儿子，怕这个小子分走他的权力，于是便想在暗中杀了这小子。结果走漏了风声，被窦太后知道了，窦太后很是生气，窦宪为了不被惩罚就答应去攻打匈奴。结果窦宪连连大捷，声名大震。
窦宪手中握有兵权，加上征讨匈奴威望很高，所以就有点按捺不住，准备起兵谋反。结果谋反不成还走漏了风声，和帝和宦官们将窦宪诛杀，并且将窦氏家族为官者全部免职，消除了窦氏外戚的势力。窦太后也被和帝软禁，不许她再参与政事。公元前97年，窦太后忧郁而逝。
窦太后死后，大臣们都来揭发窦太后的罪行，要求和帝将窦太后的名号废黜。和帝念在她的养育之恩没有废黜她的名号，在她去世后仍然按照太后的身份葬于敬陵。