在康熙朝，我们对后宫了解更多的是孝庄皇后，对顺治帝的第二位皇后孝惠皇后却很少提及，虽然这位孝惠皇后当了50多年的皇太后，但在孝庄巨大的影响力之下，却显得很渺小。事实虽是如此，但康熙皇帝对这位继母却是孝顺备至，悉心照顾。孝惠皇后博尔济吉特氏，比顺治小三岁，顺治帝的第一个皇后是她的姑母，这就等于孝惠皇后嫁给了自己的姑父。
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孝惠皇后在14岁那年即顺治十三年(1656年)被封为皇后，也就在这一年，姿色绝世的董鄂氏入宫，孝惠皇后虽身为皇后，由于过于忠厚，不善奉迎，所以颇受冷遇，顺治帝还曾有意废除她的皇后之位，让董鄂氏接替。在董鄂氏和孝庄的保全下，孝惠皇后最终还是保住了自己的中宫皇后之位。
康熙帝即位后，尊孝惠皇后为皇太后。康熙10岁那年，康熙帝的生母孝康皇后去世，孝惠皇后与孝庄共同担起了培养教育玄烨的重担。孝惠皇后仁厚贤淑，与孝庄皇后的关系很好，感情极为融洽。孝庄病逝后，孝惠皇后悲痛欲绝，几次哭倒在地，极尽子妇之道。
孝惠皇后视康熙帝如几出，竭力抚育、关照，母子感情深厚，在长达50多年的时间里，康熙帝极尽孝道，竭力报答这位母后的养育之恩。
康熙五十六年(1717年)十一月，孝惠皇后得了重病。正在京西畅春园的康熙帝得知后，非常着急，不等沿途设好警戒，只带了少数随近侍，便急匆匆赶回皇宫，看望皇太后。在皇太后病重期间，康熙帝不顾自己的病痛和64岁的高龄，坚持天天看望皇太后。
同年十二月，孝惠皇后病死于宁寿宫，享年77岁，仅次于乾隆帝生母孝圣皇后，在清朝皇后中位居第二位。孝惠皇后虽然不是康熙帝的生母，但康熙帝对她的感情却胜似亲生。孝惠皇后死后，康熙帝决定破例为其系谥，也就是将顺治帝的庙谥“章”字加在她的谥号之后，并将其神牌升祔太庙。在明朝有定例，只有嫡皇后才能系谥，皇帝的生母和继后都不系谥，也不升祔太庙。清朝，在孝惠皇后之前，只有嫡皇后和皇帝生母才系谥、升祔太庙，继后没有系谥的。
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孝惠皇后是顺治帝的继后，所以礼部官员在拟谥号时，未系顺治帝的庙谥，即不称“孝惠章皇后”。对此，康熙帝极为恼怒，他令礼臣们到太庙去看太宗皇太极的两位皇后谥号。
大臣们到了太庙看了之后，承认了自己的错误，给孝惠皇后系了顺治帝的庙谥，称孝惠章皇后。因为这个失误，五位大学士受到了降一级的处分。
其实大臣们并没有错，而是康熙帝的错。为什么这样说呢?第一，明朝的继后没有系谥的。第二，在此之前清朝的继后也没有系谥的。第三，康熙帝所以让大臣去太庙，目的是让他们看孝庄皇后的谥号系了太宗的庙谥。
其实大臣们不看也知道，但孝庄皇后是皇帝的生母，孝惠皇后不是。在这点上孝惠皇后与孝庄皇后没有可比性。康熙帝错就错在没有讲明白，大臣们自然是不敢开这个先河的。在孝惠皇后升祔太庙、奉先殿之前，有的大臣主张将康熙帝生母孝康皇后的神牌放在孝惠皇后的前面。这个提议遭到大学士王掞的反对，康熙帝自己也认为不妥。最终孝惠皇后的神牌放在了孝康皇后神牌的前面。
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道理很简单，因为孝惠皇后是名正言顺的中宫皇后，是通过大婚正式册立的，而孝康皇后在康熙帝生前只是一名地位低下的庶妃，因为儿子当了皇帝，才取得了顺治帝皇后的名分。所以，孝惠皇后摆在孝康皇后之前是合情合理的。
但话又说回来，合情合理的事情也要看皇帝的意愿，可以大胆做个假设，这件事要是放在乾隆的身上绝对就不会这么干，肯定是要偏重生母的。
也就从康熙帝首开为皇帝继后系谥、升祔太庙的先例以后，凡后世继后均照此办理，这也成为了清朝的制度。