到三十一年(1603)十一月甲子日凌晨，从朝房到各个勋戚大臣的门口，都有一封匿名信，名叫《续忧危..议》，说贵妃与大学士朱赓、兵部尚书王世扬、三边总督李汶、保定巡抚孙玮、少卿张养志、锦衣卫都督王之桢、千户王名世、王承恩等人相勾结，图谋更换太子，语言更加荒诞不经。
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陈矩把这封信交给皇上，大学士朱赓也进去了。皇上大怒，敕令陈矩和锦衣卫大加搜索，一定要查出制造妖书的人。当时大案突然发生，侦缉官校在都城四处活动，捕风捉影，滥加拘捕，因此被牵连的人很多。王之桢想陷害锦衣卫指挥周嘉庆，首辅沈一贯想陷害次辅沈鲤、侍郎郭正域，他们都派人嘱咐陈矩。陈矩严正拒绝了他们。
不久百户蒋臣将..生光捉来。..生光是京师无赖之徒，曾伪造富商包继志的诗，其中有“郑主乘黄屋”一句，以此来威胁国泰和包继志，索取黄金，所以人们怀疑而将他逮捕。
对他严刑审问他都不承认，妻妾子弟都被拷打得体无完肤。陈矩心想..生光即便是冤枉，但先前的罪名已够判他死罪，而且此案如果没有主犯，皇上必定非常愤怒，恐怕将辗转牵连不已。礼部侍郎李廷机也认为..生光前面的诗句与妖书词语相合。于是定案，..生光被凌迟处死。沈鲤、郭正域、周嘉庆以及其他受牵连的人，都赖陈矩得以保全。
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在万历年间，皇帝让陈矩去办一件事情。让他惩治一位因犯罪而被停职的将军，处理完这件事之后，他在回来的路上正好经过自己的故乡，就想要去祭祀一下祖先。
百姓很是害怕宦官回乡的，因为他们在这途中总是会借机收取百姓一些钱，装进他们自己的口袋。这不在陈矩回乡时，安肃县的百姓就害怕陈矩也是这样。没想到呀，陈矩回来后就是简单上了个坟，就离开了，并没有向百姓索要一分钱。像他这样的太监太少了，他就是百姓心中的神。
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后来的陈矩凭借自己的努力，当上了东厂的掌门人，到达了权力的巅峰。他在掌管东厂时，朝廷风气也一直很好，大臣们很是钦佩他。