但是，多尔衮死后不久，其政敌便纷纷出来翻案，揭发他的大逆之罪，首先议了阿济格的罪，然后恢复两黄旗贵族的地位，提升两红旗的满达海、瓦克达、杰书、罗可铎等。白旗大臣苏克萨哈等见势头不对，也纷纷倒戈。在这种形势下，先兴罗什等五人狱，然后便正式宣布多尔衮罪状，追夺一切封典，毁墓掘尸。接着，当权者又接连处罚了刚林、巴哈纳、冷僧机、谭泰、拜尹图等。多尔衮多年培植的势力顷刻瓦解。
多尔衮死后两个月，突然从荣誉的顶峰跌落下来，完全是统治阶级内部矛盾斗争的结果。但是，多尔衮对于清皇朝所立下的不世之功也绝不是政治对手们的几条欲加之罪所能掩盖的。顺治十二年正月，吏科副理事官彭长庚、一等子许尔安分别上疏，称颂多尔衮的功勋，几乎句句在理，但被济尔哈朗骂了个狗血喷头，流放宁古塔充军。迟至一百年后，乾隆帝当政时，发布诏令，正式为多尔衮翻案，下令为他修复坟茔，复其封号，“追谥曰忠，补入玉牒”。如此铁案又再度被翻了过来。到此时，有清一代对多尔衮的评价算有了定论。
多尔衮一生多妻无嗣。其正妻为蒙古科尔沁台吉吉桑阿尔寨之女，即敬孝忠恭正宫元妃。又有继福晋佟佳氏、扎尔莽博尔济吉特氏、科尔沁博尔济吉特氏（拉布希西台吉之女）、科尔沁博尔济吉特氏（索诺布台吉之女，即原豪格的福晋）、朝鲜李氏，还有妾察哈尔公齐特氏、博尔济吉特氏、济尔莫特氏、朝鲜李氏，前后共有六妻四妾，仅生一女，名东莪，多尔衮倒台后给与信王多尼，以后命运不详。其养子多尔博是多铎之子，后归宗。
纵观多尔衮的一生，功大于过，不失为一个值得肯定的人物。有史学家认为，没有多尔衮就不可能有大清王朝268年的历史，他是中国最后一个封建王朝的缔造者，是中华统一版图的杰出奠基人。因位宠功高，擅权过甚，死后遭到顺治帝的被清算，相反乾隆帝为多尔衮恢复名誉后，仍以多尔博四世孙淳颖承袭睿亲王爵，一直传到民国初年。
