戊戌年中，光绪的“忤逆不孝”令慈禧太后一度萌生废黜皇帝的念头，但最终因兹事体大及中外阻力而不得不自行放弃。但在次年(1899年)，慈禧太后宣布“乙亥建储”，即选中端亲王载漪之子溥儁为皇储并入继穆宗同治为嗣，名号曰“大阿哥”。
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这事细说起来颇有些吊诡。因为光绪时年不过28岁，为何不待他生下子嗣，而急于为同治立嗣，其中必有隐情。从恶意的角度来说，慈禧太后是为了报复光绪而出此下策。但从善意的角度来说，也可有另种解释。同治与光绪都是小皇帝出身，这对于朝政来说隐患颇多，因为慈禧太后再精明，她也只是一个深宫中的女人，其学识和视野无法应对19世纪末的危机年代，而当时的朝廷上下，“国赖长君”(国家的昌盛需要有年长有经验的君主进行管理)似乎也是一种共识。
但问题的关键在于，光绪皇帝似乎没有生育能力。从目前公布的医案及光绪自述的“病原”来看，其自幼即体弱多病，而且患有长期的遗精病史。对于光绪的身体状况，慈禧太后未必不是心知肚明。因为隆裕皇后并非他人，而系她的亲侄女。而且，光绪皇帝一生只有一后两妃，之后便再也没有册封过其他嫔妃。这在清朝皇帝中绝无仅有。因为通常而言，清朝皇帝的后妃至少在10人以上(如康熙甚至多达40人)。即便是19岁即去世的同治皇帝也有5名后妃。光绪只有一后二妃，这究竟是怎么回事呢?
最合理的解释是，光绪皇帝很可能因为长期的肾炎等疾病而导致无生育能力(甚至性能力)，因此没有了继续册封后妃的必要。如果这种推测符合事实的话，这不仅是光绪个人的残酷命运，也可以说是清王朝的一种难言之隐，甚至可以说是致命的。在1856年同治出生之后，在近半个世纪的时间里，皇宫中就再没有新生儿的啼哭之声。这对于清朝的国运来说，意味着什么?
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宫荒50年，天要亡大清!
慈禧太后的出发点或许是好的。因为皇帝是一个至为高级而尖端的职位，任何有作为的继任者在之前都必须接受长期而专业的教育，一而再、再而三的小皇帝登基，无疑会引发越来越多的危机。眼看光绪确实生不出儿子，慈禧太后也只能另想办法，早做打算。她最终在在皇亲近支中选择了端郡王载漪的次子溥儁为大阿哥人选，即“皇储”。
接慈禧太后的懿旨，溥儁系按当年吴可读之议而入继穆宗同治为嗣，名号为“大阿哥”。随后，十五岁的溥儁被接到皇宫内弘德殿读书，由同治的岳父承恩公崇绮和原同治的帝师大学士徐桐为师傅。由此，在端郡王载漪周围便聚集了一些保守顽固、盲目排外的亲贵，如庄亲王载勋、载漪的兄弟载濂和载澜、军机大臣刚毅、大学士徐桐等人。这些颟顸宵小之徒在庚子年胡搞一气，结果引发了更大的一场灾难。这就是为人所熟知的“庚子国变”。在八国联军攻进北京后，慈禧太后等人逃到西安。一时间“国将不国”，清廷险些倾覆。
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吃了这样一场大苦头后，慈禧太后与光绪的关系有所改善。而端郡王载漪被认为是“拳乱祸首”，由此连累“大阿哥”溥儁被废出宫。皇宫虽然恢复了昔日的平静，但帝、后之间的矛盾仍旧长期存在。在光绪的身体一日不如一日的煎熬中，如此又过了8年。