郑成功进入台湾时，清朝随即施行一道对郑家极具杀伤力的“迁界令”。这个坚壁清野的策略实施得非常彻底，目的是让郑成功粮饷物资来源枯竭，最后迫使其山路五商、海路五商无法经营。少了海外贸易收入支应军费，经济越来越困顿，郑氏只好在台湾努力开拓耕地、发展农业，但农业收入远不如海上贸易，郑家终究无法再与清政府相抗衡了。
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提出高见策略的是原郑成功阵营将领黄梧，他在清政府对郑成功部属提出优厚的招降条件时，献出郑方重要基地海澄(今福建龙海市)投降。因黄梧熟知郑军内情，向清政府指出：“郑成功之所以能够守金、厦弹丸之地与清政府对峙，是因有沿海人民接济粮饷、油、铁、船。”此一建议果然重重打击了郑家命脉。
黄梧投降清朝后，招降郑方官员200多人、士兵几万人，使郑成功北上的计划受阻，大大助长了清朝的实力。康熙皇帝特别封他为海澄公，位居一等公，是明郑降将中职位最高的，子孙可享有世袭12代的赏赐。
1662年赶走荷兰人后，年仅39岁的郑成功病逝台湾，遗命竟是赐死儿子郑经，他的骤逝引发郑氏内部权力出现真空。
郑成功的部将黄昭在台南拥立其同父异母的弟弟郑袭，继位为延平王;在厦门的郑经则拉拢掌握海军的都督周全斌，以正统自居;位于金门的元老重臣郑泰(郑经堂叔)则持观望态度，倾向与清方谈判，甚至提出金门、厦门、台湾三岛，比照朝鲜成为朝贡国的办法。
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这时清朝康熙皇帝刚继位，年仅8岁，大权掌握在鳌拜手中，一切还不稳定的状况下，清政府不想开启战端，不断招抚厦门的郑经;只要他愿意剃发，到北京请降，不但赦免违抗的罪责，还给予优厚的爵位、从优叙职。
郑经不想被招降，又担心自身实力不敌清政府武力，于是假造人员、器械总册，以准备投降的姿态迷惑清方，并和清政府进行谈判;同时出兵台湾打败叔叔郑袭，之后留下部将黄安掌理台湾，自己回厦门。
回到厦门的郑经却面临被孤立和亲信背叛的危机：一方面迁界令使厦门失去物资和情报的来源;另一方面，堂叔郑泰因立场不同，被郑经幽禁后自杀，郑泰的弟弟郑鸣骏和儿子郑缵绪因而带着8000士兵及100艘船，向清将领耿继茂投降;第二年，原本支持郑经的海军都督周全斌、提督黄廷也投降满清。
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郑泰事件发生后，郑经被施琅和荷兰的联合部队打败，撤出金门和厦门，退守到漳州沿岸的小岛铜山(今东山县东山岛)，他的部属大多投降了清政府。1664年3月，郑经终于放弃福建沿海岛屿，撤退到台湾，建国“东宁”，自称“东宁国王”，为保有政权的合法地位并维系郑成功旧部属的向心力，仍继续尊奉南明桂王的永历年号，但不再有西征清朝的想法。