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就在李治与武则天深情相拥几天后，武则天被王皇后神秘地接回宫中，让她蓄发侍奉皇帝，名份依旧为才人，只不过由唐太宗的才人变成了唐高宗的才人。这样，武则天在感业寺只呆了十个月，终于如愿以偿，重新回到皇宫。但她也知道，在皇宫这政治与权力的中心，她还有很长的路要走。不过到了这一步，她已经别无选择。如果说李世民的英武曾经压抑了她的锋锐，那么，李治的懦弱更加激发了她心底最强烈的雄心。
李治得知武则天入宫后大喜过望。此时，李治因为钟爱萧淑妃之子李素节，预备立为太子。王皇后大为恐惧，立即与长孙无忌结盟，群起反对。李治不得不按长孙无忌之意，立宫女刘氏之子李忠为太子。刘氏位微而无宠，不会对王皇后的地位造成威胁，王皇后这才完全放心下来。李治身为皇帝，在立太子的事上内外交困，不免有了强烈的挫败感，于是转而投向善解人意的武则天，以寻求精神与心理上的安慰。自此，武则天开始宠冠后宫，自从她进宫后，其它嫔妃就再也没有生育。
历朝历代均有因妃子争宠而引发的立嗣之争。当皇帝宠爱某一妃子时，爱屋及乌，便想到立妃子的儿子为太子，这就是所谓感情与政治的统一，也是出于为妃子将来打算的考虑。但立嗣关系到国本，众所瞩目，皇帝即便是权倾天下，往往也不能如意。关于这一有特点的历史现象，不但之前发生在李世民身上，现在李治身上，甚至之后在风格强硬的武则天、无所作为的唐中宗李显，甚至果断英武的唐玄宗李隆基身上都能看到。可见历史人物始终无法摆脱当时局势和环境的控制，即便是皇帝，也有许多事情由其个人意识所不能左右，为个人力量力所不能及。
武则天入宫后，感激王皇后的照顾，“卑辞屈体以事后”，侍奉皇后一直非常周到，但这只是在暂时没有利益冲突的情况下。武则天的低声下气博得了王皇后的欢心，王皇后经常在李治面前称赞武媚。这时候的武则天，也许还没有要当皇后的野心。能走出死气沉沉的尼姑庵，重新回到华丽的皇宫，她已经心满意足。而武则天在后宫能够专宠，完全是魅力和性情使然。
李治宠爱武媚，恩及武氏家族，封武则天死去的父亲为太原郡公，母亲杨氏为太原郡君，在长安城内赐给府邸一区。永徽五年(654年)三月，武则天由才人晋升为昭仪。昭仪是九嫔中的第一位，是正二品的级别，在后宫中仅次于皇后和贵妃。
当武则天一连生下两个儿子(李弘与李贤)时，王皇后这才惊醒过来:萧淑妃已经没有任何威胁，真正要命的威胁是来自令皇上神魂颠倒的武昭仪。曾经的盟友竟然演变成了新的敌人，而曾经的敌人也能成为新的盟友。于是，王皇后和萧淑妃结成了联盟，预谋共同对付武则天。
皇后执掌后宫，对后宫嫔妃有生杀予夺大权。此时，对武媚来说，已经不仅仅是失不失宠那么简单，甚至还面临生命的威胁。在此情况下，武则天不得不奋力自保。这时候，她已经意识到，除非她自己当上皇后，否则后宫的争斗与威胁永远不会休止。
武则天开始行动了，她先将自己的亲姐姐(嫁贺兰越石，当时守寡，后封韩国夫人)及其年轻的女儿贺兰氏(后封魏国夫人)引进后宫，献给李治，以夺王皇后和萧淑妃之宠。以往王皇后和萧淑妃只知道争风吃醋，在后宫兴风作浪，令皇帝心烦。武则天却别出心裁，加上贺兰氏有绝色容貌，李治心花怒放，认为武则天“能奉己”，更加宠爱，视为最知心的人;武则天又拿出所有的财物，暗结宫中上下人等，密察王皇后、萧淑妃两人的行动，并巧妙地将王、萧两人对她的怨愤和谩骂告诉给李治。史称“武氏巧慧， 多权数”(《资治通鉴·卷一百九十九》)，武则天的心计智谋远远超过了王皇后和萧淑妃。果然，李治日益对王皇后不满。
当时宫廷中一直有种说法秘密流传，认为武则天次子李贤非武则天亲生，而是她的姐姐韩国夫人所生。据说这就是后来李贤败亡的重要原因。
王皇后却不知道自己的底细都已经被武则天掌握，她眼见自己一天天地失宠，心里非常着急，不断在李治面前搬弄是非，说武则天的坏话。李治疯狂地宠爱着武则天，对王皇后的所作所为自然非常反感。王皇后自讨没趣，只好向母亲柳氏求计。柳氏没有什么见识，决定用巫蛊秘术，即每日依法念咒咒死武氏。历来皇宫最忌行巫蛊之术，不久王皇后就被人告发，李治开始想废掉王皇后。但长孙无忌、褚遂良等人竭力劝阻，硬生生地打消了李治的念头。王皇后位子是保住了，但从此失去了李治的信任，为日后的悲剧命运种下了隐患。
王皇后失宠，其舅宰相柳奭也感受到了皇帝的刻意冷淡。柳奭多不自安，主动提出辞去宰相职务。李治一点情面都没给，毫不挽留。柳奭为长孙无忌集团核心成员，他的罢相虽然源于内宫争宠，但却被视为是李治公开发起的对长孙集团的第一次挑战。与其说这种挑战是为了武则天，倒不如说这是李治长期在长孙无忌集团压制下的一次总爆发。柳奭罢相后不久，李治就召集五品以上官员训话:“顷在先帝左右，见五品以上论事，或仗下面陈，或退上封事，终日不绝;岂今日独无事邪，何公等皆不言也?”(《资治通鉴·卷一百九十九》)自李治即位以来，长孙集团专权，从来没有人敢向李治当面或上书言事，这是李治第一次鼓励大臣积极言事。很快，就有雍州参军薛景宣秘密上书，反对雇人筑长安外廓城，言辞尖锐。长孙集团中的于志宁认为薛景宣言辞尖锐，要求诛杀薛景宣，为李治所拒绝。到了这个时候，皇帝已经表现出要脱离长孙集团控制的种种姿态，刚好，皇后废立事件就成为绝好的机会。
王皇后一直得到长孙集团的有力支持，尚能在失宠的情况下保位，但不久就发生了一件令她地位彻底动摇的事。武则天生下了一个白胖美丽的小公主。由于是武则天的第一个女儿，极得李治喜爱，视为掌上明珠。有一天，王皇后来探视小公主，离去后不久，李治来到，发现小公主死了，大惊着喝问宫人:“刚才谁来过?”宫人回答:“王皇后。”武则天闻讯赶来，放声大哭。李治不明真相，便认为是王皇后杀了小公主，大怒说:“皇后杀我的女儿，以前就常和昭仪(武则天)过不去，如今又这样!”到了这个时候，朝野上下差不多都已经知道，王皇后被废势在必然，只是迟早而已。
