满清政府在当时可以说是内忧外患，太平天国攻占苏州、常州，威胁上海，英法联军集结通州，随时可能进攻北京。可是满清政府却下定决心不在磕头问题上退让半步，他们的底牌是西方公使要么向皇帝磕头，要么不亲递国书，口气异乎寻常地强硬，毫无妥协余地。如果达不成协议，满清政府将不顾自己力量虚弱而背水一战。当时英方提出递交国书一项，只是按照西方的国际法惯例行事，当满清政府提出见皇帝需要磕头时，被他们以国家之间一律平等的理由加以拒绝。他们反而怀疑皇帝拒不接受国书里面包藏着巨大的阴谋，更加坚持要亲递国书。
当咸丰帝接到英方拒不磕头的奏报之后，忍无可忍，无处可退，立即作出开战的决定。对于导致通州谈判破裂的直接原因“亲递国书”一项，直到战后，满清政府才明白过来，这只是西方各国的通常做法，并没有特别要为难皇帝的意思，而且英法联军虽然在谈判中坚持要亲递国书，却并没有打算为此事开战。双方背后都没有阴谋。如此看来，这场战争的真正原因就是奉行“磕头外交”的满清政府与奉行国际惯例的英法两国在国与国之间行为方式上的冲突，这两种行为方式又根植于“天下一统”和“国家平等”这两套在当时绝不相容的观念之中。在它们的后面，则是由不同文明所构成的知识背景。
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通州谈判破裂之后，按照事先的部署，清政府当场拘禁了以巴夏礼为首的英法谈判使团共39人，押送北京，以“叛逆罪”投入大牢。给巴夏礼等人定下的罪名，再好不过地说明了满清王朝所坚持的“天下一统”观念之荒谬。他们仍然认为这个世界上所有的国家都是满清王朝的属国，因此，英法联军对中国的进攻并没有被看成是侵略、入侵或是战争，而是被当作“叛乱”；满清政府对英法开战则被理直气壮地宣布为“剿夷”、“讨逆”。
杀害公使激怒英法
通州谈判全面破裂后，9月18日，僧格林沁根据咸丰皇帝将英方谈判代表巴夏礼“羁留在通（州），勿令折回以杜奸计”的旨意，捉拿了正在返回路上的巴夏礼等一行39人，其中英国人26名，法国人13名，送往北京，分别囚禁各处。扣留谈判代表及其随行人员，外交史上罕见。监禁期间，这些人被百般拷打，肆意凌辱，其中包括《泰晤士报》记者鲍尔比。《泰晤士报》记者鲍尔比被关在圆明园，双手被捆，整日下跪，3天水米未进，手腕处被皮绳勒得生出蛆虫。第4天死去，尸体在牢房里放置3天，后被扔到野地里，让野狗吃了；安德森中尉，手脚被勒得生出了蛆虫，他看着手上的蛆虫满身蔓延，精神错乱，大叫3天死去；一位法国犯人，蛆虫进了他的嘴巴、耳朵、鼻子，也疯了……一个幸存者居然还在狱中数蛆，一天可繁殖1000只蛆虫……
据一个当时被监禁的英国外交官后来回忆：狱卒们把他放在一块囚犯睡觉用的垫起来的铺板上，并用另外一根粗大的铁链把他牢牢拴在头顶的梁柱上。这根铁链既长又重，先从脖颈绕一圈，并固定在双脚上，双手被两条交叉的铁链和手铐紧紧捆住，双脚也是一样。这些西方外交官在监狱中还受到了残酷的心理折磨，满清政府通知巴夏礼等人，中国决心死战，他们将被立即处死，给两个小时写遗书。待巴夏礼等人写完遗书之后，又说将处死日期改在第二天，而第二天又没有行刑。行刑日期一拖再拖，对于已被宣布死刑的人来说，心理压力越来越大。满清政府对他们施加巨大心理压力的目的，是想迫使他们屈服之后再在狱中与之重开谈判。
9月18日中午，英法联军4000人就与清军精锐僧格林沁部近万人在通州张家湾交战，结果清军惨败。9月21日后双方在通州八里桥再次交战，英法联军约6000人大败清军精锐约30000人。咸丰帝闻讯后如惊弓之鸟，宣布“朕今亲统六师，直抵通州，以伸天讨而张挞伐”。9月24日，咸丰从圆明园出逃，从此再也不敢回北京。9月23日，英法联军照会恭亲王奕忻要求释放巴夏礼等谈判人员无果。9月25日，额尔金照会说，如3天放还全部谈判人员并接受条件，联军停止进攻，否则要夺取北京，奕忻接到照会后，一面驳斥额尔金，一面寄希望于巴夏礼，加紧做巴夏礼的工作。9月30日，英法联军兵临北京朝阳门，额尔金原形毕露，声称联军继续前进。
10月5日，英法联军已经休整半月，准备进攻北京。10月13日，北京安定门按照英法联军指定时间开放，英法联军盘踞安定门直至撤出北京。10月13日至16日，在英法联军的强烈要求下，清政府陆续放还俘虏，尽管巴夏礼等人最后并没有被处死，但一个月后当满清政府被迫释放他们的时候，在被监禁的39人当中，已有21人被虐待致死，18人存活下来。英法两国被彻底激怒，英法方面召开了会议，巴夏礼是中国通，他知道，对中国人来说，残酷虐待囚犯，甚至要他们的命，并不是什么出格的事。但是对英法这些来自西方的夷人来讲，那就太出格了。英法两国都同意惩罚清政府，按万国公法规定，凡使臣性命不保，它日城破，鸡犬不留。但是两人提出的惩罚方式有异。
英国额尔金的意见是：第一，这些可怜的俘虏是在圆明园内受到虐待的，那么我们就必须将这个园子夷为平地。法国公使葛罗对额尔金的意见表示反对：圆明园没有设防，严格说来非交战区，乃无益之报复。额尔金就坚持一条：火烧圆明园，于是双方各自制定了自己的最后通牒。10月16日，英方向清方提交最后通牒：第一，拆毁圆明园；第二，赔偿被虐待致死的英方人员补恤金30万两白银；第三，赔款未付清之前，联军驻守天津。10月17日，法公使向清政府提交最后通牒：第一，补恤金20万两白银；第二，将虐待俘虏的清方官员严加治罪；第三，让出城内肃王府的公馆作为法国使馆；第四，给还康熙年间各省天主教堂及传教人的坟茔、田产、房屋。
