在卫拉特部的实力被削减时，成吉思汗后裔却并未立刻反攻，彼时，他们正为了争权夺利而互相残杀。1467年，满都古勒大汗在讨伐侄孙的战争中去世，而博勒呼济农作为继承人，也在继承汗位之前被暗杀。至此，昔日兴旺的黄金家族仅剩一个小男孩，他就是继承人之子达延。
经历过惨烈家族内讧的达延，孤苦无依，是满都古勒汗的遗孀抚养了他。她一直保护着这个孩子，并在1470年宣布其为大汗。满都海赛音还是个巾帼不让须眉的女子，她率军击败卫拉特人，为达延日后的统治奠定了基础。
达延统治蒙古帝国长达七十三年，在其1481年亲政之后，达延率军平定了土默特人及兀良哈人发起的叛乱。1479年至1505年，达延又带领部众骚扰了明朝边境，阻断了明廷与卫拉特人的联系。1543年，达延可汗去世，其孙博迪继承了汗位。
达延的统治虽然确保了汗位的稳定传承，但却并未解决蒙古族瓜分遗产的问题。在大汗死后，帝国便形成了由家庭成员组成的联邦式国家。内部各级首领均为兄弟或堂兄弟，他们虽认可察哈尔部的权力，但是，却始终处于独立状态。
随着时间的推进，所谓的大汗继承者，逐渐失去了统治整个帝国的能力，卫拉特人及通古斯人都成为了其劲敌。但是，彼时的卫拉特人正与哈萨克汗国、绰罗斯家族酣战，只有通古斯人有能力结束蒙古帝国的历史。
1604年，林丹承袭汗位。
林丹汗并非昏庸之辈，他早已知晓后金对蒙古的野心。因此，从刚继位开始，林丹汗便开始统一各部。1627年，林丹汗派兵收服了右翼鄂尔多斯、土默特等部，声威由此大振。
次年，喀喇沁、朵颜兀良哈及土默特等部联合十万大军迎击林丹汗，召城一战后，林丹汗损耗了四万兵力。其实，这一战，林丹汗注定会失败，因为，他的敌人是结合汉人谋略与蒙古人彪悍的后金帝王努尔哈赤及皇太极。
努尔哈赤统治时期，科尔沁及扎鲁特部均通过联姻归顺于后金。而土默特、兀良哈及喀喇沁等部因害怕林丹汗报复，便也归顺了后金。1625年，林丹汗出兵科尔沁，后金则派兵增援了科尔沁，随后，林丹汗被迫撤退。继位后的皇太极，将火力对准了林丹汗。
1628年，他派出阿济格同喀喇沁部会盟，共击林丹汗。此时的林丹汗，早已陷入孤立无援的困境，他被迫撤退至归化城留守。1632年，皇太极率兵西征，他同蒙古各部一起攻打林丹汗。面对来势汹汹的围攻，林丹汗被迫驱赶十万人畜渡黄河西逃。
看到林丹汗大势已去，其部众大多在途中散去。
林丹汗逃至青海两年后，便在打草滩郁郁而终。
蒙古帝国与明帝国对峙了两百多年，谁都未能拥有压倒性优势。但在前后不过十年的时间内，这两个帝国却都被满清所灭。1635年，多尔衮招降林丹汗部众，其妻交出可汗印信。至此，漠南蒙古被归入后金版图，昔日群雄争抢的大汗之位就此断绝，蒙古帝国就这样消失了。
最后，我们再说明一下“黄金家族”，广义上指成吉思汗的后人是黄金家族。元朝建立后狭义上黄金家族指，托雷甚至忽必烈一系后裔，成吉思汗的其他后代都不能算。元末留在中原部分的黄金家族融入汉族。逃至漠北部分的黄金家族至瓦剌也先时“凡故元头目苗裔无不见杀。”
达延汗改制后黄金家族仅限于达延汗子孙，蒙古察哈尔部大汗王廷嫡系独享。元末之时，部分融入汉族。明末之时，皇太极击败林丹汗后，满清贵族收取林丹汗八大福晋，至此，部分黄金家族融入到了后金的宗室之中。民末之时，民族识别部分黄金家族融入到了汉族。
