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朱元璋在击败陈友谅、张士诚、方国珍等其它南方起义军和南方大元势力后，于1367年开始北伐，在大将徐达、常遇春等的协助下，于1368年八月攻克通州，元惠宗于七月二十八日，仓惶北逃，徐达率军攻陷元朝的首都元大都(北京)，元作为一个全国性质的统治结束。
统治中原近百年的元朝覆灭后，元顺帝这个亡国之君既未战死，也没有自缢，而是带着残余部众一同撤回了蒙古高原，这个曾经让蒙古祖先兴起的故地。元朝作为外来政权，其统治者竟能在亡国之际全身而退，不得不说是一个奇迹。
元朝的覆灭对于蒙古人来说，只是丢失了一部分中国领土，庞大的蒙古帝国依旧屹立在北方草原上。
元朝皇室得以创造全身而退的奇迹，与成吉思汗当年的疯狂扩张，有着密不可分的关系。妥欢帖睦尔既是元朝的皇帝，也是蒙古的大汗，他对蒙古各部及各汗国享有绝对的宗主权。元顺帝受中原文化的影响颇深，北归对他的打击是巨大的。虽然，他依旧是帝国的大汗，但却时刻饱受“去国怀乡”之痛。加之，明朝军队的追击，元顺帝更是终日惴惴不安。
1370年的5月，妥欢帖睦尔在沙拉木伦河河畔郁郁而终。元顺帝死后，其子爱猷识里达腊继承了衣钵，残元政权又维续了八年。即位之初，这位新残元皇帝还意气风发，誓要重登皇位。但现实却给了他重击。到了1373年，明廷派出徐达攻打哈拉和林，要知道，哈拉和林可是黄金家族荣耀的象征，一旦被明军攻破，蒙古帝国也将随之消失。
正是因为其重要性，徐达所率领的部队遭到了蒙古人的顽强抵抗。但是，徐达攻势汹涌，他逼得爱猷识里达腊几近绝望边缘。后来，明军因战线太长，止步于土拉河畔。几年之后，爱猷识里达腊抱憾离世，其子脱古思继承了皇位。作为残元第三任皇帝，脱古思统管的区域已缩至蒙古帝国的最初规模，恢复帝国昔日的荣光，显得更加遥遥无期了。
到了1388年，明朝派出了十万大军攻打残元，七万部众被俘，新皇脱古思逃走后被部下勒死。经此一战，残元政权光环不再，众多蒙古部落脱离其自立。到了1399年，贵力赤杀死了最后的大汗额勒伯克，残元最后一任皇帝覆灭。
至此，延续三十年之久的残元政权被灭，蒙古再次进入部落纷争的阶段。
残元政权的覆灭，使得明朝失去了一位政敌。彼时的蒙古已成为“边患”了，而非前朝残余势力。所以，在贵力赤夺取霸权之后，永乐皇帝朱棣并未责难他，反而表示了友好，并承认其对蒙古各部的宗主权。
1400年，贵力赤被阿苏特部首领阿鲁台及卫拉特部首领马哈木联合打败。马哈木及阿鲁台希望部族能够在独立于蒙古人之外的情况下获得承认，而非做蒙古帝国的大汗，所以，他们在打败贵力赤后，直接向明廷效忠，表明自己的部族是不会争夺大汗之位的。
这样的臣服深得明廷赞赏，于是，明朝廷便给了他们极大的统治支持。因为有明廷做后盾，卫拉特部的霸权一度扩张至整个西蒙古地区。但是，这两个部落的统治并不长久，因为，贵力赤之子额色库再次崛起。他向阿鲁台及马哈木发起了挑战，誓要争夺大汗之位。
经过十多年的战争后，额色库病逝。并在额色库争夺宗主权之际，额勒伯克之子本雅失里复辟了汗位。作为黄金家族的后裔，本雅失里显然更具号召力。不久之后，阿鲁台等蒙古各部便站在了本雅失里这边。
明朝怎会允许残元政权复辟，在收到消息后，永乐皇帝立即亲率大军攻入蒙古。1410年至1411年间，明军击溃了阿鲁台军队。此战之后，本雅失里失去了权威。1412年，马哈木率领卫拉特部众打败了这位正统的代表者，趁机夺得了汗位。
登临大汗之位后，马哈木直接与明朝断交，永乐皇帝不得不再次攻打蒙古。彼时马哈木所率军队，虽对明军造成了严重打击，但是，他为了保留实力，直接撤退至土拉河以西。因为，未能阻止明军进入蒙古草原，马哈木威望大不如前了。
大汗宝座再次悬空后，兴安岭东部的科尔沁部，在首领阿台的带领下夺取了蒙古中东部。
此时，阿苏特部首领阿鲁台再次见风使舵，支持阿台杀掉了本雅失里，拥戴其坐上了大汗宝座。科尔沁部也属“黄金家族”的后裔，所以，永乐皇帝虽无法忍受卫拉特部的叛变，但是，为了消灭“黄金家族”，他还是选择了支持卫拉特部。永乐皇帝为了消灭“黄金家族”而扶持卫拉特部的政策，在其死后产生了作用。
1434年到1438年间，马哈木之子率领卫拉特部众杀死了大汗阿台及阿鲁台。大汗之位再次悬空，此时，本雅失里的兄弟阿占被拥戴为大汗。若是深究便会发现，此时的蒙古帝国已从“黄金家族”转入“绰罗斯家族”手中。“黄金家族”已然完结，明朝皇帝放过了这位新君王。但让明廷没想到的是，卫拉特部虽没有显赫的历史背景，但他们依旧心怀光复帝国荣耀的野心。
卫拉特人极为精明，他们并未向当时国力强劲的明朝宣战，而是转而将刀锋对准了察合台汗国。彼时尚未登临可汗之位的额森打败了卫思汗，并强娶了哈尼木公主。因为，卫思汗拥有黄金家族血统，所以，卫拉特部与之联姻后，便拥有了强大的号召力。等到额森继承汗位时，蒙古帝国疆域已扩张至长城地区，从前象征正统的哈拉和林也被其收入囊中。
1499年，明廷悔婚，怒不可遏的额森随即率军蹂躏了彼时尚处中国边陲的山西等地，明廷派出王振迎敌。双方交战后，额森歼灭明军数十万人，连皇帝都被其掳走，这就是历史上的“土木堡之变”。但是，因卫拉特人始终难以攻入宣化和大同，额森便率部众退回了蒙古。几个月之后，额森再次率兵攻打北京，但此时，他遇到了劲敌于谦，“北京保卫战”就此打响。
额森数次进攻均被其打退，后来，明朝援军赶到，因为兵力悬殊，额森只好仓皇撤退。1453年，额森与明廷议和，宣布臣服于明朝。此举表明额森已放弃了帝国的宗主权，消息传开后，蒙古各部随即宣布独立。1455年，额森被杀，其子阿马桑赤台吉继承了汗位。但是，在其攻入察合台汗国后，卫思汗之妹及其子在后方制造混乱，极大的削减了卫拉特人的实力。