洪承畴到江宁后，采取恩威并用、剿抚兼施的手段来稳定清朝的统治。至顺治四年(1647年)底，洪承畴因请假回乡料理丧事时，东南沿海的抗清斗争已大为减弱。次年四月，洪承畴回京，仍以内院大学士处理政务。可以看出，清廷对他是极度信任的。
顺治四年，大西军余部在孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇四军率领下，占领云南，贵州及其周围的四川、广西部分地区，以云贵为中心重建农民军政权，四将军同时称王，而尊孙可望为“国主”。
顺治九年(1652年)，大西军领导人在实现与南明永历政权的联合抗清后，决定出师北伐。兵分两路：一路由李定国率领，共八万多人，取道贵州，经湖南攻打广东、广西;另一路由刘文秀率领，共六万多人，由云南东部出四川、下重庆、取成都，目的是拿下关中。主帅孙可望由云南赴贵州，居中策应指挥。
这两路大军进展顺利，大西军于九月占领广西全境，并攻入湖南，连下衡州、连州、长沙、常德、岳州等城，出兵七个月，复州郡十六，辟地三千里。是年底，清朝派敬谨亲王尼堪率兵十余万攻打长沙，大西军主动后撤，在衡州设伏，阵斩尼堪，天下震动。
顺治十年(1653年)五月，清廷起用洪承畴主持南方战事，委以全权。顺治帝在召见洪承畴时说：“朕遍察廷臣，惟你堪当此任，兹特命卿经略湖广、云南、贵州等处地方，总督军务，兼理粮饷。巡抚、提督、总兵以下，听你节制，兵马粮饷听你调发，文官五品以下、武官副将以下，有违命者，听从军法从事。”
洪承畴出师，正值大西军孙可望与李定国内讧，时机极为有利。顺治十三年(1656年)，李定国率军奔至贵州安隆，迎永历帝赴昆明。孙可望在贵州，以“清君侧”为名，于第二年发兵十几万攻打昆明。由于孙可望的部将阵前倒戈，李定国军大胜，孙可望到长沙投降了洪承畴。
不久，洪承畴调吴三桂自从四川，卓布泰自广西攻取贵州。清军占领之后，顺治帝令信郡王多尼为安远大将军，率八旗劲旅至贵州，与四川、广西的清军分三路进攻云南，李定国大败，永历帝则逃到缅甸。
顺治十六年(1659年)三月十六日，洪承畴抵达云南，认为云南险远，上疏建议以王公镇守，清廷于是命吴三桂镇守云南。洪承畴又以云南气候恶劣，主张暂停进兵，也被采纳。
同年十月，洪承畴以眼疾请求退休，顺治帝在批准他的谕旨中称：“卿久任岩疆，劳绩茂著，今滇黔初辟，正资弹压料理。览奏目昏衰老，特准解任，回京条理。”洪承畴抵达北京不久，顺治帝病逝，年仅八岁的康熙帝即位。
洪承畴再次恳请退休，清廷同意。经部议，予三等阿达哈哈番(轻车都尉)世职。康熙四年(1665年)，洪承畴死于北京家中，享年73岁。
结语
洪承畴的一生，明显地分为两个阶段。前半生在明朝，镇压农民起义，后与清军作战失败被俘，皆不应肯定。后半生投降清朝，为清朝征服东南和西南出谋划策，效力行间，其中镇压人民抗清和农民军余部，确实造成了一定的人力物力的破坏。
但从清朝势力日趋强盛，实际成为全中国新的统治者，并迅速完成对全国的统一来看，洪承畴审时度势，发挥自己的才能，所做出的努力，于社会进步有利，这一点应该予以积极评价。
