在明神宗实录说张居正的是有功劳的然后他威权震住，招致了祸患，可以看得出来万历皇帝就是要在大明王朝去张居正化，将张居正的影响降低。
(张居正)性沉深机警，多智数。及赞政，毅然有独任之志。受顾命于主少国疑之际，遂居首辅，手揽大政，劝上力守(行)祖宗法度，上亦悉心听纳。十年内海寓(内)肃清，四夷詟服，太仓粟可支数年，冏寺积金至四百余万，成君德，抑近幸，严考成，综(核)名实，清邮传，核地亩，询经济之才也。惜其偏衷多忌，小器易盈，钳制言官，倚信佞，方其怙宠夺情时，本根已断矣。威权震主，祸萌骖乘。何怪乎身死未几，而戮辱随之。”——《明神宗实录》
二、万历皇帝比较贪财
皇帝能会缺钱，其实万历皇帝还真的缺钱，内库紧缺不少，他的弟弟潞王要大婚，还要就藩，这些都需要钱，皇帝也等着钱买米下锅呢，这人穷什么事情都能干的出来，在这之前万历皇帝已经尝到甜头了，抄冯保家的时候得到了大量的钱财。
至是，诚复入，悉以两人交结恣横状闻，且谓其宝藏逾天府。帝心动。左右亦浸言保过恶，而四维门人御史李植极论徐爵与保挟诈通奸诸罪。帝执保禁中，逮爵诏狱。谪保奉御居南京，尽籍其家金银珠宝巨万计——《明史》卷二百十三·列传第一百一
当时冯保张居正和李太后是明朝的三驾马车，李太后不说了，冯保有巨款那张居正有没有呢，抄了冯保的家有这么多钱，那张居正只能比他更多吧。而且他想什么来什么。当时一个叫做羊可立的御史上书说“己故大学士张居正隐占废辽府第田，乞严行查勘 ” 而且辽王妃也说他们家的钱当时全部都入了张居正的口袋里。
御史羊可立复追论居正罪，指居正构辽庶人宪节狱。庶人妃因上疏辩冤，且曰：“庶人金宝万计，悉入居正。”——《明史》卷二百十三·列传第一百一
说的有板有眼的，那就好办了，这些钱都是你贪的，不应该给你，应该属于我皇帝的，于是万历皇帝就让锦衣卫们将张居正的家给抄了，弄得鸡飞狗跳最后从张居正家里得到了多少钱呢，得黄金万两，白金十余万两。得到这些还不满，当时要让张家人招供，存在外面的银子，他的长子最后无奈说有三十万金存在曾省吾那里，导致曾省吾被杖毙。
得黄金万两，白金十余万两。其长子礼部主事敬修不胜刑，自诬服寄三十万金于省吾、篆及傅作舟等，寻自缢死。——《明史》卷二百十三·列传第一百一
这些钱最后都进了万历皇帝的内库，说万历皇帝贪财还有一个佐证，说的是万历皇帝抄家就是为了钱财，说每当我将抄家的宝物给皇帝的时候，他就很高兴。
“至尊呼我为儿，每观没入宝玩则喜我。”——《明史.李植传》
万万后期广派矿监税使到全国敲诈勒索更可以传证。孟森先生指出:“帝王之奇货，从占无若帝者”。所以说万历皇帝贪财在帝王中都不多见，他从冯保那里得到了大量的钱财，自以为也能从张居正这里得到一笔不小的开支，于是抄了张居正的家，这些也能说的过去，毕竟你都死了，我还怕你干什么。
三、稳定朝局
稳定朝局跟清算张居正有什么关系呢、有关系，而且关系大了去啦!张居正在位首辅的时候，内阁已经成为实际上的行政中心，六部完全对他俯首帖耳，对于敢于违背张居正的人，都霸道的张居正给夺职罢官，现在张居正死了，这些人开始旧账重提，再也没有一个像张居正一样的人物了，为了稳定朝局，万历皇帝必须要做些什么，拿已经死去的张居正开刀一方面能震慑住那些一心跟着张居正的人，另一方面让那些曾经因为张居正贬职罢官的人对万历皇帝感恩戴德，这样朝政就彻底稳定下来。这也是帝王心术的一种，这些还是张居正当初教给万历的，想不到用在了张居正自己身上。
万历帝在抄了张居正的家后，张居正的罪状给彻底定下来了：
“张居正诬蔑亲藩，箝制言官，蔽塞朕聪。私占废辽地亩，假以丈量遮饰，骚动海内。专权乱政，罔上负恩，谋国不忠。本当斫棺戮尸，念效劳有年，姑免尽法。伊属张居易、张嗣修、张顺、张书，俱令烟瘴地面充军。”——《明史纪事本末.江陵柄政》
这一位明朝的改革家，延缓大明灭亡的首辅终于被他的学生皇帝给定为罪臣了，成了臭狗屎，天启二年(1622年)，天启皇帝为张居正复官复荫。不过此时大明朝也日薄西山了。而万历皇帝在清算完老师之后的三十六年后也去世了，留下明朝一堆烂摊子，甚至有人说明朝亡于万历。
