而郑芝龙之所以不愿出兵，乃是因为当时的清朝大员洪承畴许诺，将给郑芝龙三省藩王的封号，最后成功策反郑芝龙。
不想坐以待毙的朱聿键离开福州去往延平，准备冒险前往湖南联络当地的明军，但行踪很快暴露被郑芝龙阻止。
不久后，郑芝龙不顾儿子郑成功和麾下诸将的劝阻，带着他的黑人卫队去往清军大营。郑成功虽不愿投降，甚至与自己的父亲决裂，却也无力阻挡清军的攻势，只好率部南下。
失去了郑家军的隆武朝廷，瞬间门户洞开，清军越过仙霞岭后直下福建，隆武帝只能仓皇出逃。
1646年8月，隆武帝逃出延平后，直奔汀州城，却在城外被清军追上，只好躲进一座关帝庙。负责抓捕的清军在庙外大声喊叫，忽然，一个人手持钢刀冲出庙门，一边冲向清军，一边高喊自己就是隆武帝，很快被清军乱箭射死。
这个人当然不是隆武帝，而是一名叫周之藩的小将领，他想舍身掩护隆武帝逃离。清军自然也怀疑此人的真实身份，进入庙中才发现，隆武帝已经从后门逃入了汀州城。清军统帅努山立刻命令几百名投降过来的明军士兵，重新穿上明军军服，打着明军的旗号直奔汀州城。
负责守备汀州城的士兵一看是自家的军装和旗号，以为是从前线败退下来的明军，不多加询问便打开了城门。早已埋伏在城外的清军一拥而入，俘虏了刚准备吃饭休息的隆武帝和曾皇后，准备送往福州领赏。
当押送隆武帝的清军行至闽江支流九溪边上时，曾皇后突然冲出轿子，大喊一声，陛下宜殉国，妾先去了，随即纵身跃下山崖而死。
悲痛欲绝的隆武帝几次试图自尽，都因清军的严密看护而未成，但到达福州后，依旧拒绝投降，最终在福州的监牢内绝食而死。
纵观南明18年争斗中的三帝一王，以及数量众多的监国，隆武帝朱聿键的整体才能都远在他人之上，半生的监禁磨练了他坚韧的性格。而即使是在逃亡中，也依旧坚持的读书学习。
这铸就了他的雄才大略，只可惜，他在错误的时间，选择了错误的势力，致使他的宏图大志到最后只能是水中月，镜中花!
