阎应元牺牲后，多铎下令：满城屠尽，然后封刀。清军对江阴城展开大屠杀，江阴人民慷慨赴义，男战死、女自尽，拒不投降。十七万两千余人惨遭屠戮，只有藏在寺观塔内的印白和尚与老少五十多人活了下来。
此后，整个江阴地区的人们都采取了对清廷不合作的态度：不当清朝的官，不应清朝的举。直到乾隆年间，乾隆给阎典史在江阴修祠，主动向江阴示好，局面才所改观。
没人知道阎应元的墓地在哪里,甚至没人知道他牺牲时多大年龄。对于那些忝居庙堂之上的大明高官来说，九品的典史不值一提。但正是国破家亡之际，这位退休的九品小官挺身而出，无论军事才能还是气节，他让多少拥兵数十万计的南明重臣、将军们自愧不如。他知道自己脑袋可以不要,但膝盖,是不能弯的。
很多人,一辈子都唯唯诺诺,小心揣摩别人,从来不敢为自己活着;也有很多人,随机应变,圆滑润通,从来没有什么值得始终坚守;但也有很多人,清楚有一些自己应该殊死争取与保卫,理想,信念,梦想,还有血性。不愿下跪的阎应元死了,但他以另外一种方式永生。
正是有这种不多但是坚持认死理的人,中国人的精神血脉,才一代一代延续下来,时至今日,还有些人,不会轻易交出自己的膝盖。
战后，为了安抚江阴百姓，清朝统治者采取了怀柔政策，
乾隆在乙酉守城战131年后，对抗清三公——阎应元、陈明遇、冯厚敦，分别赐谥“忠烈”、“烈愍”、“节愍”。
阎应元殉国192年后，清廷为安抚江阴百姓，下诏在江阴和其故乡通州为其修祠各一座，皆命名为“阎公祠”。
