捷报传来，宋高宗派宦官赐赏慰问，对宰相说：“你们现在才知道我所任得人吧。”任命杨存中为保成军节度使、殿前都虞候，不久兼领马步帅。杨存中上奏：“0时设置三衙，鼎立相制，现在我一人独揽，不符合旧例。”宋高宗没有答应。
绍兴七年(1137年)，任淮南西路制置使，准备让他抚定郦琼各军，后来没有成行。绍兴九年(1139年)，迁任殿前副都指挥使。
绍兴十年(1140年)，金国背叛盟约攻取河南，朝廷命令杨存中任淮北宣抚副使，率兵到宿州，以步兵退屯于泗州。金国派人送假情报说敌骑数百屯于柳子镇。杨存中打算前往攻击，有人认为不可，杨存中不听。留王滋、萧保率一千骑兵守卫宿州，自率五百骑夜袭柳子镇，黎明时，没有见到敌人而回。金军以精兵埋伏在杨存中归路上，杨存中知道这一情况，于是横冲溃散。参议官曹勋不知道杨存中死活，上报朝廷，朝廷震恐，于是下令暂且退保泗州。不久杨存中从寿春渡过淮河回到泗州，人心才安定下来。冬天，率兵返回行在。
绍兴十一年(1141年)，金将完颜宗弼耻于顺昌之败，又谋南侵。朝廷诏令各地大军集结于淮西以等待敌人。于是杨存中率领殿前司兵三万人戍守淮河，同金军在柘皋展开激战，击败金军。当时张俊任宣抚使，杨存中任副使，刘锜任判官，王德任都统制，田师中、张子盖任统制官。金军以拐子马在两翼掩护前进，杨存中说：“敌军依仗弓矢，我有办法对付它。”让万人手持长斧，如城墙而进，各军鼓噪奋击，金军大败，退屯紫金山，此战，损失将士九百人，金军死伤数以万计，而濠州之围依然未解。
张俊同杨存中、刘锜先计议班师。恰逢有人告知前往濠州的道路已经畅通，张俊对刘锜说：“我打算与杨存中驻兵淮上，安抚濠梁地区民众，取宣化后回到金陵，杨存中则渡过瓜洲返回临安。”第二天，张俊命令两人行动。间谍报告金军急攻濠州，张俊仓忙退回，邀刘锜在黄连埠会合，距离濠州六十里，听说濠州城已经失陷，召见杨存中、刘锜商议。刘锜对杨存中说：“对此应怎么办?”杨存中说：“不过一战，你和张太尉在后，我应居前攻敌。”刘锜说：“本来是救援濠州，濠州既已失陷，进无所依，士兵盼望回去，士气已经低落，同敌交战是危险之道。不如退兵占据险要之处，等敌军离去，再商计对策。”众将都说：“好。”于是三人鼎足立营，派人侦察敌情，报告说：“敌军已经离去了。”张俊为了自己独立战功，叫刘锜不要前去，而命令杨存中与王德到达濠州。阵势排列未定，城中烟火升起，金军埋伏的骑兵一万多人分两翼而出。杨存中回首对王德说：“怎么办?”王德回答：“我是小将，怎么敢参预表达意见?”杨存中用鞭指挥军队说：“那么回去。”各军以为命令他们逃走，于是散乱南逃，再无行列纪律，金军在后追杀很多。过了一天，韩世忠率领大军来到，但已经来不及了。杨存中于是从宣化渡江回到行在。加检校少保、开府仪同三司兼领殿前都指挥使，大概是奖赏柘皋战胜之功劳，而免去濠梁战败的过错。
绍兴十二年(1142年)，宋徽宗棺椁下葬永固陵，命令杨存中都护。事毕后，拜少傅，以保傅任管军队从杨存中开始。绍兴十四年(1144年)，杨存中请求到太学拜谒先圣，宋高宗说：“学校既兴，武将也知崇尚，如汉朝羽林士都精通《孝经》，更何况其他呢?”绍兴二十年(1150年)，杨存中被封为恭国公。绍兴二十八年(1158年)，拜为少师，地位视同枢密使。杨存中由于凡是军事重地都有统制官，唯独荆、襄地区没有，请示朝廷，于是才在荆南、襄阳设诸统制。
杨存中在殿中共二十五年，权力恩宠日盛，太常寺主簿李浩、敕令所删定官陆游、司封员外郎王十朋、殿中侍御史陈俊卿相继谏言。绍兴三十一年(1161年)，杨存中被罢为太傅、醴泉观使，进封同安郡王，赐玉带，朔望时入朝。
当时金主完颜亮有南侵的意图，杨存中进呈备敌十策。步军司统帅赵密密谋夺取杨存中兵权，因此指责杨存中是喜功生事。杨存中听说后，上奏请求免职，赵密最终取代了他。不久，边防风声日益紧急，九月，诏令杨存中任御营宿卫使。刘汜在瓜洲战败，朝廷命令杨存中前往京口，作为守江计。虞允文从采石来同他会合，杨存中同他齐心协力抗拒敌人，金军没能渡江。金主完颜亮死后，杨存中同虞允文乘轻舟渡江观察敌情。当金人请求和解时，杨存中上奏等到彼得新主之命，不要急忙答应。
宋高宗到建康，诏令杨存中护卫，并对宰相说：“杨存中唯命是从，忠贞不二，是我的郭子仪。”金朝使节又来请和，杨存中请求在江口把他拘留，移书审问，如能归还我的民众，交归旧土，减少岁币，恢复原白沟疆界，双方结为兄弟之好，像这样才能同金和议;否则，请求斩杀使者，急图恢复。恰逢宋高宗回驾，任命杨存中为江、淮、荆、襄路宣抚使，但给事中、中书舍人不书黄签押，这一任命于是作罢。不久，杨存中依旧奉祠。
隆兴元年(1163年)，官军在符离溃败，朝廷又任命杨存中为御营使。隆兴二年(1164年)，金军再次入关，朝议割让四川的和尚原给金国。杨存中入对说：“和尚原，是陇右藩篱要害之地。敌人得到它，就可以睥睨汉川;我们得到它，就能够下兵秦雍。以前议论给予金国，吴璘力争不从。现在吴璘在远方，来不及知道。我如不说，不仅有负陛下，也有愧于吴璘。近来，王师尽出精锐而后才得到这块地方，希望不要放弃。”
不久，金军又攻淮甸，诏令杨存中同都督江、淮事。汤思退被罢免后，升任都督，杨存中入宫辞谢，宋孝宗赐座，并赐给玉鞍勒。当时诸军各自守卫自己辖区，不能互相协同，杨存中召集诸将进行协调，于是才互相应援。宋孝宗亲自写信赐他说：“诸将协同和睦，互相策应，是你的功劳。”恰逢金军已深入南下，朝廷计议准备舍弃淮河保卫长江，杨存中坚持不可，才作罢。金军在扬州，有人劝杨存中派兵攻打。杨存中不敢渡江，只是临江固垒以防敌军。金军不久请求恢复和好。
