作为世界上第一个殖民大国，葡萄牙的崛起是必然的，其以当时不到100万的人口，拉开了人类大航海的序幕，加强了世界各地的联系，并在几十年间一跃成为欧洲最强大、最富有的国家。到16世纪初，葡萄牙的发展达到了顶峰，殖民地横跨亚洲、欧洲、非洲、美洲等地。在商业方面，其几乎垄断了世界上所有的香料、糖、黑奴等的贸易，控制了跨越半个地球的商业航线，建立起了一个以葡萄牙为中心的世界性的商业帝国。但好景不长，仅仅过了一个世纪，随着欧洲各国航海贸易的崛起，葡萄牙的商业霸主地位很快便受到了冲击，其在发展过程中存在的一些问题充分暴露，而曾经不可一世的葡萄牙也迅速走向了衰落。相比于其他的世界级霸主，葡萄牙的衰落似乎来的更快一些，他的辉煌只是一闪而逝，而结果似乎早已注定。
一、过少的人口，使其在殖民过程中发展后劲不足
上面提到，葡萄牙最强大的时候，殖民地横跨亚洲、欧洲、非洲、美洲等地，面对着如此广阔的殖民地，然而，16世纪葡萄牙的总人口数却只有150万，这意味着什么呢？意味着葡萄牙虽然拥有着如此广阔的殖民地，却无人可守，虽然短时间内凭借着葡萄牙的强大国力能占有一阵，但时间一长，随着其他欧洲国家的崛起，葡萄牙的地位必然会受到挑战。
我们都知道，在殖民过程中，最主要的依靠力量就是军队。但葡萄牙总人口数才150万，其军队人数就更少了，比如在一些殖民地，葡萄牙士兵的驻守人数仅有50名左右，虽然有大量的雇佣军作为补充，但是这些雇佣军包括葡萄牙士兵在殖民过程中又在与当地人的冲突中大量被消耗，本来为数不多的兵力总是捉襟见肘。比如在1515年葡萄牙向北非开拓殖民地的过程中，与当地的摩尔人发生了激烈冲突，结果导致4000名葡萄牙士兵的丧生。因为这件事，导致葡萄牙对北非100多年的殖民活动最终以失败告终。
因为兵力的不足，到1610年，葡萄牙在全球范围内只有6000名海员，由于人员太少以至于根本无法驾驭其全部船只。使得葡萄牙在殖民的过程中，只能对一些关键地方进行直接控制，其余大多数殖民地都是以据点的形式存在，根本无力控制内陆或者去控制一些重要的港口及其他地方，无法在一些殖民地建立直接的殖民统治，这就给了其他竞争者以可乘之机。如此一来，时间一长，当欧洲各国都开始崛起的时候，葡萄牙帝国衰落的命运自然不可避免。
二、成也香料、败也香料
16世纪初，葡萄牙虽然垄断了世界上大多数的香料贸易，且在短时间内为西班牙积累了大量的财富，使葡萄牙的经济实力居世界第一，但是，由于其在香料贸易过程中的不合理经营，使得葡萄牙用香料建立的经济优势在短时间内迅速崩溃，依靠香料崛起的葡萄牙自此走向衰落。
葡萄牙人于16世纪控制了跨越半个地球的商业航线，这其中也包括香料贸易。但是，其对香料贸易的控制程度远远达不到独霸的程度，因为当时威尼斯商人的崛起，在葡萄牙人眼皮子底下又偷偷地开辟了香料贸易的航线，与葡萄牙商人争利。
与此同时，由于香料所带来的丰厚利润为葡萄牙在短时间内积累了大量的财富，这在其他欧洲国家看来，是非常眼红的。于是，在香料所产生的高额利润的诱惑下，欧洲其他国家如法国、英国、德国等国的商人纷纷参与到香料贸易中来。如此一来，以前原本由葡萄牙一家独大的香料贸易，由于其他国家的参与，使得香料的数量大增，价格也随之下跌，葡萄牙靠香料所建立的贸易优势荡然无存。
另外，由于香料带来的利润甚为丰厚，在葡萄牙商船经常经过的好望角航线上，海盗便打起了运输香料船只的主意。这样一来，由于香料运输过程中的不安全因素，葡萄牙不得不派出船队来护航。如此一来，受到海盗的影响以及船只的损耗，葡萄牙运输香料的成本在不断增加，曾经繁华的好望角航线的优势边渐渐地转移到了地中海航线上，最终的造成了本来原属于葡萄牙人的收入大幅度减少，财富大量流失。经济优势的崩溃，使得葡萄牙再也没有恢复昔日的荣耀。
三、领导人的愚昧是压垮葡萄牙的最后一根稻草
葡萄牙最强大的时期，当属国王曼努埃尔执政的时期，在他的统治时期，葡萄牙成为了欧洲最富有的国家，他也成为了欧洲最富有的君主。尽管在他执政后期，葡萄牙已经有了衰落的迹象，但尚属于可以挽救的地步，如果他的继任者能够看到国内存在的危机，这一切都可以挽回。但在他死后，他的继任者若奥三世注定不能再带领葡萄牙走向辉煌了，因为这是一位“既愚昧又顽固”的君主，在他的带领下，葡萄牙很快便走向了衰落。
1521年，若奥三世继位后，在他的“英明”领导下，葡萄牙在北非的殖民地大面积收缩，先后失去了萨菲、阿泽穆尔、阿尔卡塞尔和阿尔济拉四个殖民地，导致葡萄牙在北非的政治势力大幅度缩小，葡萄牙的衰落已经不可阻挡。与此同时，面对国内的颓势，若奥三世不去想着挽救，反而将自己的国家给孤立了起来，他不愿同任何欧洲国家结盟去投入战争，只能眼睁睁地看着原本属于葡萄牙的殖民地被他国夺走。
1557年，若奥三世因病去世，留给了他的孙子——新的国王塞巴斯蒂昂一个烂摊子，此时葡萄牙的国内局势异常混乱，曾经的繁华富庶早已不复存在，各阶级之间的矛盾不断加剧，国内生产力大幅度衰退，失业人数激增。更致命的是，此时的新国王塞巴斯蒂昂又来了一手“骚操作”，不顾国内的混乱与危机，竟然出兵要征服摩洛哥，但此时的葡萄牙，尚属于“泥菩萨过河，自身难保”，哪有能力再去征服其他国家。结果可想而知，塞巴斯蒂昂率领的军队在征服摩洛哥的过程中，军队陷入包围，全军覆没，国王也因此丧了命。