除此以外，吴仲超院长还以敏锐的眼光，大胆使用1949年以前入职故宫的老职员。这些人大部分曾经是“三反运动”的对象，如王世襄、朱家溍先生等都在此列。朱家溍先生1946年入职，“三反运动”中被列为重点对象，1954年后一直没有适合的岗位。1956年，故宫博物院人事处通知他仍回陈列部工作。朱家溍先生重新回到故宫后，吴院长和他长谈了一小时，让他顿有知己之感。
故宫博物院素有“大百科故宫”之称，为了让故宫的学术研究尽快与其历史文化地位相匹称，吴院长延揽了一批专家学者和能工巧匠来到故宫博物院。他秉持尊重知识、重视人才的理念，“兼收并蓄”“博采众长”，文物大家唐兰、书画大家徐邦达等、陶瓷大家孙瀛洲、金石大家王文昶、古建大家王濮子等纷至沓来，形成了前所未有的发展氛围。在加强故宫博物院学术力量的同时，也奠定了不拘一格吸纳人才的用人传统。
有了专家，有了人才，吴院长还真心诚意、想方设法为他们排忧解难。从改善研究条件、办公环境到分配住房、安置家属，吴院长无微不至，让故宫的职工能全身心地投入到工作之中。唐兰、陈万里、单士元、徐邦达、朱家溍等老专家，都曾得到过他的帮助。唐兰、单士元两位专家还被提拔为副院长，在管理岗位上充分发挥他们的专业才干。
吴院长延揽人才的举措，使故宫博物院形成了一支在国内外有重要影响的国宝级学术人才队伍，在书画、青铜、陶瓷、玉器、金石文字、文物修复复制等领域提升到顶级水平。
完整故宫保护的践行者
“完整故宫”是故宫博物院的前提和基础。新中国成立初期，紫禁城内古建筑破坏严重，处处可见残垣败瓦、满目疮痍。为此，吴仲超院长一方面在文化部和解放军的支持下，组织进行了一场轰轰烈烈的紫禁城卫生大扫除。历年积留下的垃圾渣土、乱砖碎石等，约清运出25万立方米。同时，吴院长还组织人力疏浚河道、修缮河墙、通滤明暗水沟，并增设污水管道，不仅解决了紫禁城内污水排泄问题，还彻底解决了紫禁城内肮脏、腐臭的卫生状况。另一方面，他确定了“着重保护、重点修缮、全面规划、逐步实施”的方针，广泛听取社会各界特别是专家学者的建议，制定“修旧如旧”的修缮原则，逐渐摸索出一套适合故宫古建的修缮程序、技术和经验。整坍治塌、剔糟除朽、油饰彩画、红墙刷粉、地面铺墁、增设避雷设施等全面展开，3年修缮了8万余平方米古建筑，再现了昔日皇宫绚丽辉煌之貌。20世纪50年代，故宫大规模修缮了中路、西路、东路、外东路和宁寿宫区等重要区域，地面翻墁，油饰彩画，恢复了金殿辉煌的庄严面貌。70年代，故宫修缮了中轴线前三殿、后三殿等殿宇的油饰，使重点区域建筑面貌有所改观。1974年，国务院批准《故宫博物院五年古建筑修缮规划》。按照这个规划，故宫对午门雁翅楼、东南角楼、皇极殿、后三宫、钟粹宫、景仁宫等多处建筑进行修缮和油饰。到80年代，养心殿、武英殿、畅音阁等重点修缮工程也渐次完成，着重大修或大木加固工程，并安装了避雷设备确保古建安全，建筑风貌有了较大改观。
二十世纪五六十年代，因故宫博物院“地广人稀封建落后”，有人提出把故宫分为五大块作为园林，也有计划要对故宫博物院进行“革命性改造”，清除糟粕建筑物。1959年10月，故宫向北京市文化局提交了一份报告，中心意思是“紫禁城范围内的建筑必须加以保护，保持古建筑的原有面貌。修缮以复原为原则，保持原有风格”。为配合工作方案，故宫也在东西华门两侧沿道路向北安装了路灯，闭馆时间延长到晚上8点钟，在文华殿、武英殿周边树下还有不少石凳。
作为故宫博物院院长，吴仲超一方面坚持既有目标，坚定维护故宫的完整性，以保护历史文化的高度责任感推动故宫古建的保护工作，另一方面，面对来自各方面的压力和各种错误思潮的影响，为尽力符合当时的社会环境，顶住压力、沉着应对、积极呼吁、冷静处理，使故宫免遭破坏。2012年，在纪念吴院长的座谈会上，杨伯达和谢辰生两位先生都说到1959年的“报告”事件，他们的看法是，吴仲超院长以他的智慧保存了故宫的完整性。
故宫珍贵文物的守护者
随着故宫博物院事业的开展，特别是北返文物分批运回北京，为解决藏品底数不清问题，吴仲超院长审时度势，组织了百余人的专业队伍，制定了以清理文物、处理非文物、紧缩库房、建立专库为内容的《整理历史积压库存物方案》以及《清理非文物物资暂行办法》，逐宫进行文物清点、鉴别，并分类、建卡，最终形成了以故宫旧藏汇总为“故”字号文物登记账和1954年开始登记的“新”字号文物登记账合成的故宫博物院藏品总账。同时，也制定了文物等级标准，基本确定了一、二、三级文物，做到级别明确，断代清楚，有底有数。从而，形成了一套管理文物的基本制度，达到制度健全、账目清晰、鉴别准确、编目详明、保管妥善、查用便捷等要求，使文物藏品的管理更加科学合理。有人曾经估算，把故宫文物清理好、库房整理好，最多要用100年，至少也要用50年。但在吴院长的统筹与监督下，这项工作仅用了6年时间，在国庆十周年前夕基本完成。特别值得一提的是，在文物清理过程中，抢救出2876件珍贵文物，其中有商代青铜三羊尊、战国龟鱼蟠螭纹青铜方盘、唐代卢楞伽《六尊者像》、宋徽宗赵佶《听琴图》、宋代马麟《层叠冰绡图》、宋代哥窑洗、元代釉里红瓶、明代永乐白釉僧帽瓷壶、明代何朝宗塑德化窑达摩和观音白瓷像、清康熙黄釉双耳杯、清代象牙席、金印盒及珠宝翠玉等国宝级文物500余件。对非文物的处理，吴院长也是非常慎重，在经专家、学者和著名人士讨论研究审查，报国务院批准后，方行处理。
原状陈列与专题陈列相结合的陈列展览格局基本体现了综合型古代艺术博物馆的定位。在做好古建维护和藏品保管工作的基础上，吴院长强调陈列展览应与故宫本身的内涵相契合，以科研为本，以观众为上，以宫廷为脉，将前三殿、后三宫、西六宫等定为宫廷史迹原状陈列，其中包括举行大典的政务场所、日常理政的政务场所、皇帝和后妃的寝居处等。
经过多年探索，故宫博物院确立了原状陈列与专题陈列相结合的陈列展览格局，即：在紫禁城中轴线上的三大殿、后三宫以及西六宫设计宫廷史迹原状陈列；在内西路辟设历代艺术馆，在内东路及奉先殿辟设青铜等专馆陈列，在外东路辟设绘画馆和珍宝馆。这一陈列展览的基本格局和展陈理念沿承至今。
