或许是因为以武为国，明代没有采用宋代以文抑武的政策，相反大幅度提高武官级别，旗纛祭祀的兴盛也成为这一时代洪流中一道小小的注脚。明代立国之初，旗纛祭祀极为频繁，洪武三年七月之前每月朔望日均行祭祀旗纛之礼，后方改为每年春秋两次祭祀。
张以宁《翠屏集》中记载了明代旗纛祭祀的发韧：“洪武纪元之四月，公总率大军建牙于广。是月平三山贼，七月平山南龙潭诸寨，十一月开广东卫，岭表咸靖。越明年三月，有旨大都督府即所治后立旗纛庙，有旗有帜，悉庋于中，岁春惊蛰、秋霜降祀以大牢。天下守镇官于总卫各立庙，视京师典礼如之。”
从明代大量的地方志中能够看出，凡有卫所的地方，基本都能看到旗纛庙和旗纛祭祀的记载。如《嘉靖邵武府志》：“旗纛庙，在卫署西，所祀军牙六纛之神，卫所守御官皆得立庙致祭。旧典春祭用惊蛰日，秋祭用霜降日，今惟霜降日。”祭祀的神祇也颇为复杂，有“旗头大将、六纛大将、五方旗神、主宰战船正神、金鼓角铳炮之神、弓弩飞枪飞石之神、阵前阵后神祇五昌神众”等，可以看出明代的旗纛祭祀盛极一时。
随着承平日久，明代各地卫所的旗纛祭祀大约在嘉靖之后开始减少，后逐渐定为每岁霜降日祭祀旗纛诸神一次，依托旗纛祭祀发展而来的节庆活动也依然热闹非凡。田汝成《西湖游览志》载：“旗纛庙，洪武三年建于都督府后，以祀军牙六纛之神。每岁惊蛰、霜降祭之。八年，都指挥使徐司马改建于普济桥东。诏停春祭，岁霜降。先一日，本司以所制军器绕城迎之，鼓吹殷作，谓之扬兵，至日乃祭。”到了祭祀的正日，诸种技艺纷呈，迎神赛社，热闹异常，“霜降之日，帅府致祭旗纛之神，因而张列军器，以金鼓导之，绕街迎赛。谓之扬兵。旗帜、刀戟、弓矢、斧钺、盔甲之属，种种精明，有飚骑数十，飞辔往来，呈弄解数，如双燕绰水、二鬼争环……”旗纛祭祀，在江南俨然便成为了一个重要的节日庙会，也由此沾染上了浓浓的世俗色彩。
明清易代后，旗纛祭祀的礼仪依然得以保留。《康熙建宁府志》载：“故址，本主题曰：‘旗纛庙在行都司后，在宋云榭台军牙六纛之神’。岁霜降日行都司官率其属戎服以祭，祭物于本府库支官钱办祭，仪与府社稷同。今祀守备司主之。”每年霜降前夕，各地的校场演武厅的武官们都要身穿铠甲、手持刀枪弓箭，列队前往当地的旗纛庙举行收兵仪式，期望能拔除不详之事，以求天下太平。届时，武官们在庙中集合，向旗台行三跪九叩首的大礼。礼毕，列队齐放空枪三响，然后再试火炮、打枪，称之为“打霜降”，此时的百姓则如潮般聚集在周围围观。当然，随着岁月流逝，一定程度的移风易俗不可避免，清代的旗纛祭祀中混杂了满族竖纛而祭的旧俗，而明代旧有的仪式和用乐则渐渐不为人所知了。（作者：安颜颜）
