1890年代前後，他利用家产购买船只两艘，开始做起台湾糖产及樟脑的生意，输出地点遍及中国上海、厦门及南洋群岛。不久，因为生意颇佳，於是在上海及新加坡两地各设立公司。
周员经商致富後，开始积极从事社会公益，例如捐助八千两以兴建福建厦门旭瀛书院；捐两千两助厦门台湾会馆。除此，台湾水旱风灾时，他也积极从事赈灾工作。
1895年，台湾被清朝割让给日本，岛内动乱不安。为此，他前往福建泉州避免战事灾祸。在那里，他被推选为「厦门台湾会馆」馆长，从事互联在厦台人的工作。1900年代前後，台湾局势稍安定後，周子文仍返台从商，经过数年後即因病去世；惟详细逝世年龄不祥。
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