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微痕分析的基本原理是，器物表面所留存的各种痕迹，通常是过去人们种种行为和活动所造成，不同的动作或不同的媒介物，对器物所产生的磨耗便不相同。微痕分析现今在考古学中的应用甚广，研究成果丰硕，除了主要以石器为分析对象，也常被用以研究骨器、木器、兽骨或是编织物纤维。而欲运用显微镜做为工具来进行微痕分析，首先我们必须了解行为和器物上的使用痕有何关系。实验考古学者透过复制考古器物的方式，以这些复制品进行许多实验，观察比对不同的行为、不同的施力方式、不同的施力工具以及不同的施力对象所造成的使用痕迹，进而增益考古学者这一方面的知识。就石器来说，石斧用来砍树、石锄用来耕田、石刀用来切割东西、砥石用来磨刀，这些器物使用的方法和目标均不同，便各有着不同的使用痕迹。
在此检视一个分析石器的例子。石锄和石斧是台湾地区出土相当普遍的史前石器，就外形来说，它们是两种很相似的器物。在传统以器物形制来做分类的方式之下，研究者很难去区辨出两者之间的不同。然而实际上，两者的功能和使用方法有着很大差异，也因此造成不同样式的使用痕。锄头是人们用来耕田松土的工具，其使用方式是先将锄头高举、向前方朝下掘地，再向使用者自身的方向拉动；斧头则是用来砍树的工具，人们通常横向挥动斧头、然後以垂直於树干的方向砍入。锄头的施力对象是土壤，与土壤直接接触的是锄头的前表面，由於土中除了土壤颗粒之外还会有些许小碎石子的分布，所以在锄头上，使用痕多分布在锄头的前表面，多为与土壤磨擦的痕迹，并且间杂着零星与较硬石块相磨的刻痕。相对地，斧头的施力对象是树，在砍树时由於以垂直角度切入树体，因此斧头的内外表面均会有摩擦痕迹，而此痕迹是与植物纤维摩擦的痕迹。虽然器物的外型是难以区别的，但是借助微痕分析之方法，学者可以清楚地判断施力及磨擦方向与刃部之间的关系，因此能够就刃部损耗情形，而区分出这两种不同功能之器物。
除了对於石器功能之判断有所建树之外，微痕分析法更是对於早期人类到底是狩猎动物的猎人，还是捡食死亡动物屍体的食腐者的争论，提供了相当重要的证据。「狩猎在人类演化过程中非常重要」这个想法，源自於演化论者认为，人类之所以变成人类部分原因就在於能够用自制的武器去打猎。部分的考古学者认同这样的想法，认为在百万年之前的史前遗址中，许多兽骨与石器一起出土的现象，代表着当时的原始人类已经成为了狩猎者，会利用石器去猎捕猎物并加以屠宰。不过，另一派的学者并不这麽认为，他们质疑遗址中骨头与石器会堆在一起，也许只是自然营力所造成的现象而已。即便石器的确是史前人类遗留於动物骨骸旁边的，也不能直接就证明人类已经进行狩猎此一行为，人们很可能是将动物屍体搬至该处再加以处理，毕竟捡食腐肉远比狩猎来得简单。到底哪一种说法比较正确呢？有考古学者利用显微镜，分析观察了遗址中出土的兽骨，结果骨头上的切痕分布情况，显示一方面兽骨半数有被肢解的痕迹，且切痕都分布在肉附着很少的骨头上，更甚者，有相当高比例的切痕都重叠覆盖於食肉动物的齿痕上。这些现象似乎说明了，食肉动物比原始人类更先一步得到这块骨头，而人类在食肉动物吃食後，才将那些动物屍体的骨头带回某处，以石器去切割骨头上剩余的肉类。
总而言之，微痕分析法对於考古学研究过去人类之行为，有着相当大的助益。
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